基本信息

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基因组

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分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA239668：COPD小气道甲基化谱

PRJNA239668 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物项目，英文名称为“Methylation profiles of COPD small airways”，即人类（Homo sapiens）慢性阻塞性肺疾病（COPD）小气道的甲基化谱数据。该项目以表观基因组学（Epigenomics）为主题标签，在本站被归类于呼吸系统疾病 / 其他类别。作为一项 BioProject 记录，它汇集了围绕同一研究计划产生的多种类型生物学数据，并为用户提供统一入口，以便查找和访问该项目所关联的数据资源。该数据集的核心价值在于将 COPD 小气道这一特定组织部位的甲基化谱信息纳入公共生物数据体系，为呼吸系统疾病相关的表观遗传学研究提供可检索、可链接的数据基础。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级数据组织方式，用于汇集与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据可来自单一机构或联合体。每条 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，用于发现指向该项目所产生各类数据的链接。PRJNA239668 正是在这一框架下登记的项目，其研究对象为人类 COPD 小气道的甲基化谱。COPD 是一种以气流受限为特征的呼吸系统疾病，小气道是其重要受累部位；甲基化谱属于表观基因组学范畴，反映 DNA 甲基化修饰层面的信息。该项目将疾病部位与表观遗传数据结合，主题标签明确指向表观基因组学。

【数据内容】

该数据集的内容为人类 COPD 小气道的甲基化谱数据。项目英文名称直接表明其数据主题为“Methylation profiles of COPD small airways”，物种为 Homo sapiens。主题标签为 Epigenomics，说明数据属于表观基因组学类型。除上述信息外，关于具体样本数量、甲基化检测平台、覆盖基因组范围、数据文件格式与规模等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 239668) - BioProject - NCBI”，项目编号为 PRJNA239668。作为 BioProject 记录，其数据来源于围绕该研究计划开展的生物学数据采集与汇总，可能由单一组织或联合体发起。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、具体研究机构与研究者等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病与表观基因组学交叉领域的研究场景，例如围绕 COPD 小气道甲基化谱开展的表观遗传特征分析、公共数据检索与整合、以及作为相关研究的数据参照。由于该项目以 BioProject 形式组织，用户可通过其记录定位并链接到项目产生的多种数据类型，便于在统一入口下获取相关资源。关于该数据集在特定分析流程中的具体适用性，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号 PRJNA239668 的记录，并借助该记录提供的链接查找项目所关联的各类数据。本站将其归类于呼吸系统疾病 / 其他，可作为分类检索的入口。关于数据下载方式、文件组织格式、预处理步骤与推荐分析工具等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目级记录，其描述侧重于项目组织与数据链接，而非对数据质量的评价。关于数据完整性、样本代表性、甲基化检测的技术验证、批次效应与质量控制指标等，源站未提供。使用时应结合项目记录所链接的原始数据自行评估适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、文献出处与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA239668

访问原始数据

下载信息

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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA239668

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理由：DNA甲基化是一种表观遗传修饰，在响应香烟烟雾时受到高度破坏，并涉及广泛的恶性和非恶性疾病，但令人惊讶的是，此前尚未在慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者的小气道中进行评估。小气道是COPD气流阻塞的主要部位。我们试图确定COPD患者小气道上皮中的DNA甲基化模式是否受到破坏，并评估基因表达的变化是否与这些破坏相关。方法：使用Illumina的Infinium HM27和Affymetrix的Genechip Human Gene 1.0 ST阵列，对支气管镜检查期间从同一患者获得的小气道上皮DNA和RNA进行全基因组甲基化和基因表达分析。为控制吸烟对DNA甲基化的已知影响，在年龄、包年和戒烟年数匹配的患有和不患有COPD的戒烟者（FS）之间比较了甲基化和基因表达谱。

结果：我们的结果表明，异常DNA甲基化是i）COPD患者小气道中的一种全基因组现象，并且ii）与对COPD重要的基因和通路（如Nrf2氧化反应通路）的表达改变相关。结论：DNA甲基化可能是参与调节对COPD病理学重要基因的一种重要机制。由于这些甲基化事件可能是疾病特异性基因表达变化的基础，因此对其特征进行表征是开发表观遗传标志物的关键第一步，也是开发COPD新型表观遗传治疗干预措施的一个机会。总体设计：将来自38名既往吸烟者小气道（直径小于<2 mm的气道）的亚硫酸氢盐转化DNA杂交至Illumina Infinium芯片：其中15名COPD受试者（支气管舒张剂后FEV1/FVC比值<70%且FEV1预测值≤ 80%）和21名肺功能正常者。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别