PRRSV混合感染样本中NGS contig准确性评估数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1502979

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目评估了下一代测序（NGS）在检测和表征猪繁殖与呼吸综合征病毒2型（PRRSV-2）混合感染中的性能。在处理液中构建了受控的病毒混合物，包含不同病毒载量和相对丰度的野生型与商业改良活疫苗株的组合，以模拟田间条件。通过产生测序数据，评估了NGS检测多种共循环PRRSV-2毒株的灵敏度和准确性，评价了病毒复杂性对毒株检测和重叠群组装的影响，并建立了实用的序列同一性阈值，以便从部分基因组恢复中准确进行毒株归属。所得数据为改进诊断和研究应用中PRRSV NGS结果的解读提供了一个基准数据集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。