PRJNA1398364：肺纤维化免疫肽组图谱为识别治疗靶点提供新平台

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1398364

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

纤维化是许多慢性疾病常见且最终的病理结局，也是一个重大的未满足医疗需求。主要组织相容性复合体I类分子（MHC-I）所呈递的肽谱变化是疾病中的重要病理信号。纤维化中“新抗原”的鉴定可能有助于理解其发病机制和治疗靶点。在此，我们展示了对肺纤维化组织的MHC-I免疫肽组进行表征，鉴定出一系列病理性MHC-I配体，从而发现了多个“纤维化相关抗原（FAAs）”。值得注意的是，来自Tns3、Apbb2和Maf的三个MHC-I肽作为治疗性疫苗使用时，能有效阻断肺纤维化进展。本研究表明，对纤维化疾病中的免疫肽组进行分析，为鉴定治疗靶点提供了一个有前景的平台。总体设计：用剪刀将小鼠肺组织精细切碎并进行酶消化，制成单细胞悬液，随后进行单细胞测序以分析细胞组成和状态。

同时，收集脾脏组织以评估Maf肽疫苗诱导的T细胞反应，随后进行T细胞受体测序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。