PRJNA1396685：双线垂钓：空间转录组发现的混合方法

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1396685

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

空间转录组学在检测基因数量与单基因灵敏度深度之间存在权衡。我们开发了一种“双化学”方法，可在单张组织切片上结合10X Genomics Xenium V1定制面板的高灵敏度（最多480个基因）与Prime 5K面板的广泛覆盖（5001个基因）。该方法涉及共杂交Prime和V1探针，并依次运行V1和Prime解码化学。应用于人类肺组织微阵列时，我们观察到V1和Prime化学在独立运行（连续切片）与双化学运行之间具有高度一致性。重叠基因（在V1和Prime化学中均被分析）在双运行中显示出相似的表达模式，证明了该检测的保真度。通过在同一细胞内结合V1和Prime化学的信息，我们保留了更多细胞，获得了有价值的额外信息，并实现了高灵敏度分析与发现。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。