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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1193630：2024年分离株PRRSV靶向RNA扩增与测序

PRJNA1193630 数据集收录了2024年获取的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）分离株的靶向RNA扩增与测序数据。该数据集来源于NCBI，属于呼吸系统疾病/其他分类，以BAM文件形式提供测序结果。其核心内容是通过对靶向扩增的病毒RNA进行测序，获取PRRSV分离株的基因组序列信息，为研究该病毒的遗传多样性与进化特征提供数据基础。主题标签为Genome sequencing，表明该数据集主要服务于基因组测序相关分析。整体而言，该数据集聚焦于2024年PRRSV流行株的分子特征刻画，适用于病毒基因组学、分子流行病学及进化生物学等研究方向，可为相关领域研究者提供原始测序数据支持。

【数据集背景】

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）是影响全球养猪业的重要病原体，可引起母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病，对养猪生产造成显著经济损失。该数据集所涉及的PRRSV分离株获取于2024年，反映了当年流行毒株的测序信息。通过对靶向扩增的病毒RNA进行测序，研究者能够获取病毒基因组序列，进而分析其遗传变异与进化动态。该数据集以Genome sequencing为主题标签，属于呼吸系统疾病/其他分类，来源于NCBI，旨在为PRRSV的遗传多样性和进化研究提供数据支撑。源站描述指出，该数据集包含由靶向扩增病毒RNA测序产生的BAM文件，可提供对PRRSV遗传多样性与进化的深入认识。

【数据内容】

该数据集的核心数据为BAM文件，这些文件由靶向扩增的病毒RNA测序产生。BAM文件是测序读段比对到参考序列后生成的二进制比对格式，通常包含测序读段、比对位置、质量值等信息。数据集涉及2024年获取的PRRSV分离株，测序对象为靶向扩增的病毒RNA，而非全转录组或宿主RNA。主题标签为Genome sequencing，表明数据可用于基因组水平的分析。源站描述提到，该数据集可提供对PRRSV遗传多样性与进化特征的见解。除BAM文件外，源站未提供其他数据类型的说明，如原始FASTQ文件、组装序列或注释文件等均未在现有信息中体现。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。数据集英文名称为PRJNA1193630: Targeted PRRSV RNA amplification and sequencing from total RNA (2024 Isolates)，表明其属于NCBI的BioProject体系，项目编号为PRJNA1193630。样本为2024年获取的PRRSV分离株，测序策略为靶向扩增病毒RNA。源站描述指出，测序数据来自2024年获取的PRRSV分离株。关于具体的采样地点、宿主信息、样本数量、采集时间细节等，源站未提供。数据由靶向扩增的病毒RNA测序产生，以BAM文件形式提供。该数据集属于呼吸系统疾病/其他分类，主题标签为Genome sequencing。

【适用场景】

该数据集适用于PRRSV基因组学与分子流行病学研究。具体而言，可利用BAM文件中的比对信息分析病毒基因组序列变异，识别单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失等遗传变异，进而探讨2024年流行株的遗传多样性与进化关系。此外，该数据集可用于病毒溯源、毒株分型、疫苗匹配性评估等应用场景的初步数据支撑。由于数据来自靶向扩增的病毒RNA，其测序深度通常较高，适合对目标区域进行精细变异检测。主题标签Genome sequencing也表明其适用于基因组测序相关分析。然而，具体适用场景的深度与广度需结合源站未提供的实验设计、样本背景等信息综合判断。

【使用方法】

该数据集以BAM文件形式提供，使用者通常需要借助生物信息学工具进行处理与分析。常见流程包括：使用比对工具将BAM文件与参考基因组进行比对（若BAM已比对，则可直接进行变异检测）；利用变异检测软件识别SNP和插入缺失；通过系统发育分析软件构建进化树，以研究PRRSV的遗传多样性与进化关系。由于数据为靶向扩增的病毒RNA测序结果，分析时需注意目标区域覆盖度及扩增引物带来的偏好性。关于具体的分析参数、参考序列版本、软件推荐等，源站未提供。使用者应根据自身研究目的选择合适的分析流程，并参考NCBI相关文档获取数据下载与使用说明。

【质量与限制】

该数据集的质量信息，如测序深度、覆盖度、读长、碱基质量值等，源站未提供。数据以BAM文件形式提供，其质量取决于原始测序实验与后续数据处理流程，但具体质控指标未在现有信息中说明。限制方面，由于数据来自靶向扩增的病毒RNA，可能仅覆盖病毒基因组的特定区域，而非全基因组，因此不适用于全基因组水平的全面分析。此外，样本为2024年获取的PRRSV分离株，其代表性受限于采样时间、地点和样本数量，源站未提供相关信息。使用者需注意数据可能存在的扩增偏好性、比对误差等常见技术限制。关于数据的具体质量评估与限制说明，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。使用者应遵循NCBI的相关数据使用政策，并在发表研究成果时按照NCBI建议的方式引用该数据集。由于源站未提供具体的引用格式、许可类型或使用限制，建议直接访问NCBI项目页面获取最新信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1193630

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1193630

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

2024年获得的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）分离株的测序数据。该数据集包含对靶向扩增的病毒RNA进行测序所生成的BAM文件，为深入了解PRRSV的遗传多样性和进化提供了信息。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别