核呼吸因子1(NRF1)维持多发性骨髓瘤发生发展及耐药性的CHIP-seq数据集
该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJNA1174221），主题为核呼吸因子1（NRF1）维持多发性骨髓瘤的发生、进展与耐药性，包含细胞系中针对 NRF1 的 CHIP-seq 数据，属于表观基因组学范畴
![PRJNA1174221: Nuclear respiratory factor 1(NRF1) sustains the development, progression and resistance of Multiple Myeloma [CHIP-seq_NRF1_in_cell_lines]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/96848.jpg)
基本信息
资源简介
核呼吸因子1(NRF1)维持多发性骨髓瘤发生发展及耐药性的CHIP-seq数据集
PRJNA1174221 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，其英文名称为“Nuclear respiratory factor 1(NRF1) sustains the development, progression and resistance of Multiple Myeloma [CHIP-seq_NRF1_in_cell_lines]”。该项目围绕核呼吸因子1（NRF1）在多发性骨髓瘤发生、进展及耐药性维持中的作用展开，包含在细胞系中针对 NRF1 的 CHIP-seq 数据，主题标签为表观基因组学。从本站分类看，该数据集被归入呼吸系统疾病 / 其他类别。整体而言，该数据集为研究 NRF1 在血液系统恶性肿瘤中的表观遗传调控机制提供了来自 NCBI BioProject 的公开数据资源。
【数据集背景】
该数据集的源站标题为“Nuclear respiratory factor 1(NRF1) sustains the de... (ID 1174221) - BioProject - NCBI”，表明其属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据的集合，旨在为用户提供一个统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。该项目的主题聚焦于核呼吸因子1（NRF1）如何维持多发性骨髓瘤的发生、进展与耐药性。多发性骨髓瘤是一种血液系统恶性肿瘤，而 NRF1 作为核呼吸因子，通常与线粒体功能及细胞代谢调控相关。该项目通过表观基因组学手段，探索 NRF1 在骨髓瘤细胞中的结合特征，从而为理解其功能机制提供数据基础。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 CHIP-seq 数据，针对的是细胞系中的 NRF1。具体而言，项目名称中标注了“[CHIP-seq_NRF1_in_cell_lines]”，说明数据来源于细胞系样本，检测目标是 NRF1 的染色质免疫共沉淀测序。主题标签为“Epigenomics”，即表观基因组学，表明该数据属于表观遗传调控研究范畴。数据涉及 NRF1 在细胞系中的基因组结合位点，可用于分析该转录因子在骨髓瘤细胞中的调控网络。除上述信息外，关于数据的具体规模、样本数量、测序深度、文件格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）。其记录类型为 BioProject，编号为 PRJNA1174221。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型。该项目来源于单一组织或联盟，但具体组织名称、采集时间、实验地点、细胞系具体名称等信息，源站未提供。数据通过 NCBI BioProject 平台公开，用户可通过该编号访问相关数据链接。
【适用场景】
该数据集适用于表观基因组学相关研究，尤其是针对多发性骨髓瘤中转录因子调控机制的分析。具体而言，可用于研究 NRF1 在骨髓瘤细胞系中的基因组结合图谱，探索其与基因表达调控、疾病发生、进展及耐药性的潜在关联。此外，由于主题标签为表观基因组学，该数据也可用于比较不同细胞系中 NRF1 结合模式的差异，或与其他表观遗传数据集整合分析。对于关注呼吸系统疾病 / 其他分类的研究者，该数据集可能提供跨领域的参考价值，但具体适用性需结合研究问题判断。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以编号 PRJNA1174221 检索并访问该项目的记录页面。该页面提供指向该项目所产生的多种数据类型的链接，用户可据此下载或进一步分析 CHIP-seq 数据。具体的数据下载方式、文件格式、分析工具建议等，源站未提供。通常，CHIP-seq 数据可用于峰值检测、 motif 分析、基因组注释等标准表观基因组学分析流程，但针对该数据集的具体操作指南，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开数据库记录。关于数据质量指标，如测序深度、重复性、对照设置、峰值 calling 质量等，源站未提供。数据限制方面，项目仅涉及细胞系中的 CHIP-seq 数据，未提及是否包含临床样本、动物模型或其他类型数据。此外，关于 NRF1 在骨髓瘤中功能的具体结论，需结合原始文献或进一步分析，源站未提供相关结论。用户在使用时应注意数据范围及潜在的技术偏差。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款等信息，源站未提供。用户应参考 NCBI BioProject 的通用使用政策，并依据项目记录页面可能提供的指引进行引用。具体引用格式及许可细节，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1174221
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
多发性骨髓瘤（MM）是一种血液系统恶性肿瘤，其特征为骨髓内浆细胞的克隆性增殖。尽管在理解其发病机制和开发新型治疗方法方面取得了显著进展，MM仍无法治愈。新出现的证据表明，顺式调控元件（CREs）存在异常的表观遗传活动。然而，这些事件的特征描述及其与MM表型的相对影响仅部分已知。为填补这一空白，我们全面分析了MM进展过程中发生的表观遗传变化，以识别维持该疾病的事件和关键转录调控因子。我们采用ATAC-seq技术，对55例MM患者样本（包括诊断时、治疗后和复发时）以及16例MGUS样本进行了分析。随后，我们使用足迹分析来识别转录因子结合的详细变化。我们开展了体外和体内实验，包括原代细胞系模型和MM小鼠模型（vk-Myc）。我们采用了ChIP-seq、RNA-seq和RNA单细胞等高通量技术。
我们的结果通过shRNA干扰、dCas9-KRAB介导的干扰以及使用独立队列得到了证实。我们在MM队列中对开放染色质位点的普遍性进行了分层。在MM中，穿透性位点富集了核呼吸因子1（NRF1）的结合，但在MGUS样本中则不然。这些发现通过144个已发表的MM ATAC-seq图谱得到了验证。对15名MM患者和6名MGUS患者进行的ChIP-seq分析证实，NRF1仅在MM中维持启动子和增强子的活性，而在MGUS中则不然。我们鉴定出一个由103个基因组成的独特NRF1依赖性转录特征，该特征与侵袭性疾病和不良预后相关（CoMMpass数据集）。这一特征定义了195名预后显著较差的患者群体（总生存期差距为20个月）。该基因特征在生存相关通路中富集。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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