核呼吸因子1(NRF1)维持多发性骨髓瘤发生发展及耐药性研究[ATAC-seq_患者_NRF1]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1174220

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多发性骨髓瘤（MM）是一种血液系统恶性肿瘤，其特征为骨髓内浆细胞的克隆性增殖。尽管在理解其发病机制和开发新型治疗方法方面取得了显著进展，MM仍无法治愈。新出现的证据表明，顺式调控元件（CREs）存在异常的表观遗传活动。然而，这些事件的特征描述及其与MM表型的相对影响仅部分已知。为填补这一空白，我们全面分析了MM进展过程中发生的表观遗传变化，以识别维持该疾病的事件和关键转录调控因子。我们采用ATAC-seq技术，对55例MM患者样本（包括诊断时、治疗后和复发时）以及16例MGUS样本进行了分析。随后，我们使用足迹分析来识别转录因子结合的详细变化。我们开展了体外和体内实验，包括原代细胞系模型和MM小鼠模型（vk-Myc）。我们采用了ChIP-seq、RNA-seq和RNA单细胞等高通量技术。

我们的结果通过shRNA干扰、dCas9-KRAB介导的干扰以及使用独立队列得到了证实。我们在MM队列中对开放染色质位点的普遍性进行了分层。在MM中，穿透性位点富集了核呼吸因子1（NRF1）的结合，但在MGUS样本中则不然。这些发现通过144个已发表的MM ATAC-seq图谱得到了验证。对15名MM患者和6名MGUS患者进行的ChIP-seq分析证实，NRF1仅在MM中维持启动子和增强子的活性，而在MGUS中则不然。我们鉴定出一个由103个基因组成的独特NRF1依赖性转录特征，该特征与侵袭性疾病和不良预后相关（CoMMpass数据集）。这一特征定义了195名预后显著较差的患者群体（总生存期差距为20个月）。该基因特征在生存相关通路中富集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。