核呼吸因子1(NRF1)维持多发性骨髓瘤发生发展及耐药 [CUTandRUN-seq_组蛋白修饰]

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1174217），主题为核呼吸因子1（NRF1）维持多发性骨髓瘤的发生、发展及耐药性，采用 CUTandRUN-seq 技术检测组蛋白修饰

sra

基因组分类Epigenomics

PRJNA1174217: Nuclear respiratory factor 1(NRF1) sustains the development, progression and resistance of Multiple Myeloma [CUTandRUN-seq_histone_modifications]

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

核呼吸因子1(NRF1)维持多发性骨髓瘤发生发展及耐药 [CUTandRUN-seq_组蛋白修饰]

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项表观基因组学研究项目，编号 1174217，英文名称为“Nuclear respiratory factor 1(NRF1) sustains the development, progression and resistance of Multiple Myeloma [CUTandRUN-seq_histone_modifications]”。项目聚焦核呼吸因子1（NRF1）在多发性骨髓瘤发生、发展及耐药过程中的作用，采用 CUTandRUN-seq 技术对组蛋白修饰进行检测。数据主题标签为 Epigenomics，本站将其归类于呼吸系统疾病 / 其他。该数据集为研究者提供了围绕单一研究计划组织起来的生物学数据入口，便于查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。

【数据集背景】

多发性骨髓瘤是一种血液系统恶性肿瘤，其发生、发展及耐药机制是肿瘤研究的重要方向。核呼吸因子1（NRF1）通常与线粒体生物发生和呼吸链相关基因的转录调控有关，而该数据集所对应的研究计划旨在探讨 NRF1 在多发性骨髓瘤进程中的作用。项目名称明确指向“sustains the development, progression and resistance”，说明该研究关注 NRF1 对肿瘤发展、进展和耐药性的维持功能。数据集的表观基因组学主题标签以及 CUTandRUN-seq 技术路线，表明研究从组蛋白修饰层面切入，以解析 NRF1 相关的染色质调控特征。该项目的源站标题为“Nuclear respiratory factor 1(NRF1) sustains the de... (ID 1174217) - BioProject - NCBI”，进一步确认了其研究主题与数据归属。

【数据内容】

该数据集的核心内容为 CUTandRUN-seq 检测所得的组蛋白修饰数据，属于表观基因组学范畴。CUTandRUN-seq 是一种用于研究染色质状态和组蛋白修饰的技术，能够对特定组蛋白修饰进行靶向检测。项目名称中的“[CUTandRUN-seq_histone_modifications]”直接标明了数据类型和技术方法。除此之外，关于样本数量、测序深度、组蛋白修饰的具体类型、数据文件格式及大小等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据来源于 NCBI BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物学数据的集合，其记录为用户提供查找该项目所产生的多种数据类型链接的统一入口。该数据集的 BioProject ID 为 1174217。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及实验操作流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于表观基因组学相关研究，尤其是针对多发性骨髓瘤中组蛋白修饰与基因调控关系的分析。由于项目聚焦 NRF1 在肿瘤发生、发展和耐药中的作用，该数据可用于探索 NRF1 相关的染色质状态变化，或作为多发性骨髓瘤表观遗传调控研究的参考数据。此外，对 CUTandRUN-seq 技术方法感兴趣的研究者也可将其用于方法学比较或数据整合分析。具体适用的分析类型需结合源站提供的原始数据与元数据判断，源站未提供更详细的适用建议。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目 ID 1174217 检索并访问该数据集。BioProject 记录提供指向该项目所产生的多种数据类型及其相关资源的链接，用户可据此获取 CUTandRUN-seq 组蛋白修饰数据。关于数据下载的具体步骤、所需工具、数据处理流程及分析建议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库收录的研究项目。关于数据质量评估指标、测序质量、覆盖度、重复性以及潜在的技术偏差等信息，源站未提供。此外，该数据集仅涉及 CUTandRUN-seq 组蛋白修饰数据，是否包含其他组学数据类型，源站未提供。使用者在解释结果时应注意项目本身的实验设计范围。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议及使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE279764

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1174217

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多发性骨髓瘤（MM）是一种血液系统恶性肿瘤，其特征为骨髓内浆细胞的克隆性增殖。尽管在理解其发病机制和开发新型治疗方法方面取得了显著进展，MM仍无法治愈。新出现的证据表明，顺式调控元件（CREs）存在异常的表观遗传活动。然而，这些事件的特征描述及其与MM表型的相对影响仅部分已知。为填补这一空白，我们全面分析了MM进展过程中发生的表观遗传变化，以识别维持该疾病的事件和关键转录调控因子。我们采用ATAC-seq技术，对55例MM患者样本（包括诊断时、治疗后和复发时）以及16例MGUS样本进行了分析。随后，我们使用足迹分析来识别转录因子结合的详细变化。我们开展了体外和体内实验，包括原代细胞系模型和MM小鼠模型（vk-Myc）。我们采用了ChIP-seq、RNA-seq和RNA单细胞等高通量技术。

我们的结果通过shRNA干扰、dCas9-KRAB介导的干扰以及使用独立队列得到了证实。我们在MM队列中对开放染色质位点的普遍性进行了分层。在MM中，穿透性位点富集了核呼吸因子1（NRF1）的结合，但在MGUS样本中则不然。这些发现通过144个已发表的MM ATAC-seq图谱得到了验证。对15名MM患者和6名MGUS患者进行的ChIP-seq分析证实，NRF1仅在MM中维持启动子和增强子的活性，而在MGUS中则不然。我们鉴定出一个由103个基因组成的独特NRF1依赖性转录特征，该特征与侵袭性疾病和不良预后相关（CoMMpass数据集）。这一特征定义了195名预后显著较差的患者群体（总生存期差距为20个月）。该基因特征在生存相关通路中富集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别