PRJNA1007645：非编码SNP降低COPD急性加重期FABP5表达
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1007645），主题为非编码 SNP 在慢性阻塞性肺疾病（COPD）急性加重期间降低 FABP5 表达
基本信息
资源简介
PRJNA1007645：非编码SNP降低COPD急性加重期FABP5表达
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1007645），英文名称为“Noncoding SNPs decrease expression of FABP5 during COPD exacerbations”，中文可理解为“非编码 SNP 在慢性阻塞性肺疾病急性加重期间降低 FABP5 表达”。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，本站将其归类于呼吸系统疾病 / 其他。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议而汇集起来的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题标签为 Other，侧写线索给出的短描述指出，其研究重点是非编码 SNP 与慢性阻塞性肺疾病急性加重期间 FABP5 表达下降之间的关系。
【数据集背景】
该数据集所对应的 BioProject 记录，围绕非编码 SNP 在慢性阻塞性肺疾病（COPD）急性加重期间降低 FABP5 表达这一主题展开。慢性阻塞性肺疾病是一种呼吸系统疾病，急性加重是该疾病进程中的重要临床事件。该项目的标题直接指向非编码 SNP 与 FABP5 表达变化之间的关联，说明其研究背景涉及遗传变异对基因表达的影响，以及这种影响在 COPD 急性加重情境下的表现。本站分类将其归入呼吸系统疾病 / 其他，主题标签为 Other。除上述信息外，源站未提供更详细的背景说明。
【数据内容】
该数据集为 NCBI BioProject 记录，ID 为 1007645。BioProject 作为生物数据的集合，旨在将同一研究计划或倡议下产生的多种数据类型集中关联，使用户能够通过单一记录查找相关数据。该项目的标题表明其数据内容与非编码 SNP、FABP5 表达以及 COPD 急性加重相关。主题标签为 Other。关于具体样本数量、数据类型、文件格式、测序平台、分析流程或结果指标等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一条记录。BioProject 记录通常由单一组织或联合体发起，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。该项目的英文名称为“PRJNA1007645: Noncoding SNPs decrease expression of FABP5 during COPD exacerbations”，源站标题为“Noncoding SNPs decrease expression of FABP5 during... (ID 1007645) - BioProject - NCBI”。关于样本采集地点、时间、人群、伦理审批或具体实验方法等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与呼吸系统疾病、慢性阻塞性肺疾病急性加重、非编码 SNP 以及 FABP5 表达调控相关的研究场景。研究人员可通过该 BioProject 记录查找与该项目相关的多种数据类型，用于了解非编码遗传变异在 COPD 急性加重期间对基因表达的可能影响。本站分类为呼吸系统疾病 / 其他，主题标签为 Other，因此也可作为呼吸系统疾病领域相关数据检索的入口之一。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或其他特定应用，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，ID 为 1007645。BioProject 记录提供统一入口，用于查找与同一研究计划相关的多种数据类型。具体的数据下载方式、访问权限、分析工具或操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库记录。其标题和主题标签提供了项目主题的基本信息，但关于数据质量、完整性、准确性、样本代表性或潜在偏差等信息，源站未提供。该记录的主题标签为 Other，本站分类为呼吸系统疾病 / 其他，使用时应注意其分类范围较为宽泛。关于数据的具体限制或使用注意事项，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 记录。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1007645
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
COPD中对反复感染和急性加重的差异性易感性尚不明确。在此，我们研究了脂肪酸结合蛋白5（FABP5）遗传变异的潜在影响，FABP5是一种代谢调节因子，我们先前已证明其在COPD中表达下调，在报告有一次或多次急性加重的患者中进一步下调。通过对COPDGene SNP数据集的负二项分析，我们在非西班牙裔白人队列中识别出5个与严重急性加重显著相关的新型连锁单核苷酸多态性（SNPs），分布于FABP5基因座（rs4338057、rs12549270、rs202275、rs202277和rs202279）。我们整合了多个先前发表的数据来源，以优先筛选最可能发挥调控功能的SNPs。最终，rs202275成为首要候选，因为其与我们最近发表的患者来源气道上皮PRO-seq数据集中活跃增强子利用的双向RNA Pol II特征加载位点独特对齐，提示包含该变异的区域具有关键调控作用。
我们利用Micro-C全基因组染色体构象捕获技术发现，包含rs202275的区域与FABP5转录起始位点（TSS）存在三维物理接触，提示该SNP区域可能通过成环机制调控FABP5转录。为检验SNP功能，我们分析了先前存储的外周血单个核细胞（PBMC）样本基因芯片数据（GEO登录号#GSE42057），发现携带rs202275风险等位基因（T）的COPD患者FABP5表达水平显著低于非携带者。在新分离的PBMC中进行Seahorse实时线粒体呼吸测定进一步揭示，携带rs202275风险等位基因的患者细胞氧化磷酸化受损。由于巨噬细胞从促炎表型向促消退表型极化依赖于氧化代谢，该功
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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