PRJEB56386：肠道纤维化共表达数据集
该数据集为一项mRNA测序研究，包含来自7名克罗恩病患者、6名溃疡性结肠炎患者和9名对照个体的22对肠道活检样本，取材自末端回肠和乙状结肠
基本信息
资源简介
PRJEB56386：肠道纤维化共表达数据集
PRJEB56386: Intestinal Fibrolis co-expression 是一项围绕肠道纤维化分子机制展开的 mRNA 测序研究数据集，其核心目的在于通过转录组层面的比较分析，为纤维化相关基因表达特征提供验证性证据。该数据集聚焦于炎症性肠病（IBD）背景下肠道纤维化这一严重并发症，涵盖克罗恩病、溃疡性结肠炎患者以及对照个体，取材部位包括末端回肠与乙状结肠。研究以配对活检样本为基础，试图在肠道这一特定器官中检验一个更广泛的纤维化转录组特征。该数据集在站内被归入呼吸系统疾病 / 其他类别，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Other。整体而言，它为研究肠道纤维化的基因表达变化、跨器官纤维化共性以及 IBD 相关并发症的分子基础提供了可用的测序资源。
【数据集背景】
细胞外基质周转是普遍存在且动态变化的生物学过程，但这一过程可能转向纤维化。纤维化可作为炎症性肠病（IBD）的严重并发症影响肠道，并且对当前药物干预具有抵抗性。这一现状凸显了需要采用非常规思路来识别和靶向纤维化的分子机制。在此背景下，该研究构建了一个新的 mRNA 测序数据集，作为核心纤维化转录组特征（FIBSig）的验证队列。该核心特征是在公开可获取的数据中识别得到的，这些数据涉及影响不同器官的五种纤维化疾病，包括胃肠道、肺、皮肤、肝和肾，共涵盖 839 份来自患者和健康个体的样本，并包含 241 个基因。该数据集正是围绕这一核心特征，在肠道样本中开展验证性分析。
【数据内容】
该数据集为一项 mRNA 测序研究，包含来自 7 名克罗恩病患者、6 名溃疡性结肠炎患者和 9 名对照个体的 22 对肠道活检样本，取材自末端回肠和乙状结肠。所谓 22 对，即每位受试者提供末端回肠与乙状结肠两个部位的配对活检样本，用于比较不同肠道区段之间的基因表达差异。样本覆盖克罗恩病、溃疡性结肠炎和对照个体三类人群，为在肠道炎症与纤维化背景下考察转录组变化提供了基础。该数据集的核心分析指向纤维化转录组特征（FIBSig）的验证，该特征包含 241 个基因，来源于跨器官纤维化疾病的公开数据。除上述信息外，源站未提供关于测序平台、读长、表达矩阵、差异表达结果或具体基因列表的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。样本采集自接受肠道活检的个体，包括 7 名克罗恩病患者、6 名溃疡性结肠炎患者和 9 名对照个体，采集部位为末端回肠和乙状结肠，形成 22 对配对样本。该数据集被设计为验证队列，用于检验在公开数据中识别出的核心纤维化转录组特征（FIBSig）。该核心特征基于 839 份来自患者和健康个体的样本，涉及五种影响不同器官的纤维化疾病，即胃肠道、肺、皮肤、肝和肾。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息、测序建库方法及数据提交细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肠道纤维化相关转录组研究，尤其是在炎症性肠病背景下探索克罗恩病与溃疡性结肠炎患者肠道不同区段基因表达变化的场景。由于该数据集被定位为 FIBSig 的验证队列，因此可用于检验跨器官纤维化共享的 241 个基因特征在肠道样本中是否呈现一致或可验证的表达模式。此外，该数据集也可用于比较末端回肠与乙状结肠之间的配对表达差异，或用于对照个体与 IBD 患者之间的转录组比较。对于关注细胞外基质周转、纤维化分子机制以及 IBD 并发症的研究者，该数据集可作为二次分析或方法学验证的资源。关于该数据集是否适用于其他疾病领域或特定分析流程，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 获取。由于其属于 mRNA 测序研究，典型使用方式包括对测序读段进行比对、表达定量，并在此基础上开展差异表达分析、共表达分析或基因特征评分。鉴于该数据集被设计为 FIBSig 的验证队列，使用者可将 241 个基因的纤维化特征应用于本数据集的表达矩阵，以评估该特征在末端回肠和乙状结肠样本中的表现。配对设计意味着分析时可考虑同一受试者两个取材部位之间的配对关系。关于具体的下载路径、数据格式、预处理步骤、标准化方法及分析参数，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的样本量包括 7 名克罗恩病患者、6 名溃疡性结肠炎患者和 9 名对照个体，共 22 对活检样本。这一规模在验证性研究中具有一定价值，但样本量相对有限，可能影响统计功效与亚组分析的稳健性。该数据集仅涵盖末端回肠和乙状结肠两个取材部位，不能代表整个肠道或其他器官。其验证对象 FIBSig 来源于跨五种器官纤维化疾病的 839 份样本和 241 个基因，但该特征在肠道样本中的具体验证结果，源站未提供。关于测序质量、批次效应、样本处理偏差、临床元数据完整性及潜在混杂因素，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJEB56386: Intestinal Fibrolis co-expression。关于该数据集的正式引用文献、作者列表、发表期刊、DOI、数据使用许可、访问限制及再分发条件，源站未提供。使用者应直接访问来源站以获取最新的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB56386
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
细胞外基质周转是一个普遍存在的动态生物过程，却可能转向纤维化。后者可作为炎症性肠病（IBD）的严重并发症影响肠道，且对当前药物干预具有抵抗性。这凸显了需要采取非常规方法来识别和靶向纤维化的分子机制。在本研究中，一个包含22对肠道活检样本的新型mRNA测序数据集，这些样本来自7名克罗恩病患者、6名溃疡性结肠炎患者和9名对照个体（CI）的末端回肠（TI）和乙状结肠，作为核心纤维化转录组特征（FIBSig）的验证队列。该特征是在5种影响不同器官（胃肠道、肺、皮肤、肝、肾）的纤维化疾病的公开可用数据（来自患者和健康个体的839个样本）中识别出的，涵盖241个基因及其相互作用组衍生的功能通路。这些基因被用于进一步的生物信息学共表达分析，以阐明肠道纤维化的位点特异性分子背景，特别强调了它们在末端回肠中的参与。
我们在验证队列中还确认了乙状结肠与末端回肠具有不同的转录组谱。结合这些分析的结果，我们在一个较大的单一共表达模块中突出了21个核心枢纽基因，这些基因在CD患者的末端回肠中高度富集。进一步的通路分析揭示了在末端回肠中运行的已知和新型炎症调控的纤维化通路，分别为IL-13信号传导和细胞焦亡。这些发现为CD患者末端回肠纤维化发生率增加提供了依据，并突出了肠道纤维化中正在运行的通路，以供未来通过机制性和转化研究进行评估。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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