基本信息

模态

其他

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB127392：HoloRuminant WP2 LSMU 牛队列纵向微生物组分析

PRJEB127392 是 NCBI BioProject 收录的一个生物项目，其完整英文名称为“HoloRuminant WP2: longitudinal microbiome profiling in the LSMU cattle cohort”。该项目隶属于 HoloRuminant 计划的 WP2 工作包，围绕 LSMU 牛队列开展纵向微生物组分析，数据以扩增子测序为主。在 BioProject 体系中，每一条记录都用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据，便于用户从统一入口找到由该项目产生的不同类型数据。该数据集在分类上被归入呼吸系统疾病 / 其他，主题标签为 Other，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体来看，它是一项以牛为研究对象、以纵向微生物组扩增子测序为核心内容的生物项目记录。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 中的一条项目记录，项目编号为 PRJEB127392，英文名称为“HoloRuminant WP2: longitudinal microbiome profiling in the LSMU cattle cohort”。从名称可以看出，它属于 HoloRuminant 项目的 WP2 工作包，研究对象为 LSMU 牛队列，研究方式为纵向微生物组分析。BioProject 作为生物数据的集合，通常与某一项由单一机构或联合体发起的计划相关，并为用户提供查找该项目所产生多种数据类型链接的统一入口。该数据集在分类上被归入呼吸系统疾病 / 其他，主题标签为 Other。

【数据内容】

该数据集的数据以扩增子测序为主，围绕 LSMU 牛队列开展纵向微生物组分析。除上述内容外，源站未提供关于样本数量、测序区域、序列读长、数据文件格式或数据总量的具体信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 记录的形式发布，项目编号为 PRJEB127392，源站标题为“HoloRuminant_WP2_LSMU_amplicon (ID 1536211) - BioProject - NCBI”。其数据与 HoloRuminant 项目的 WP2 工作包相关，采集对象为 LSMU 牛队列。关于具体的采样地点、采样时间、采样频次、动物数量及伦理审批等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于了解 HoloRuminant 项目 WP2 中 LSMU 牛队列的纵向微生物组扩增子测序数据，并可通过 BioProject 记录查找该项目所产生的多种数据类型。其分类被归入呼吸系统疾病 / 其他，主题标签为 Other。关于该数据集在具体研究分析中的适用方向，源站未提供更多说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录访问该数据集，并借助 BioProject 提供的链接查找与该项目相关的不同类型数据。关于数据下载方式、分析流程、软件工具或参数设置等信息，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录，其描述说明 BioProject 是汇集与单一研究计划相关生物数据的集合，并提供查找多种数据类型的统一入口。关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、污染控制及使用限制等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的项目编号为 PRJEB127392，源站标题为“HoloRuminant_WP2_LSMU_amplicon (ID 1536211) - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、作者列表、发表文献及许可条款等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB127392

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB127392

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究是HoloRuminant工作包2中关于反刍动物微生物组建立与持久性纵向研究的一部分。任务2.2追踪从生命早期至8月龄期间下消化道、上呼吸道和瘤胃微生物组的变化。任务2.3将采样扩展至第一泌乳期，包括配种、产犊前以及泌乳30天和100天。立陶宛健康科学大学（LSMU）队列提供了在可用身体部位和时间点上细菌、古菌、厌氧真菌和原虫群落的双端扩增子测序数据。读段文件与动物及样本标识符和采样元数据相关联。该数据集支持跨身体部位和生命阶段的微生物组组成的纵向比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别