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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJDB39791：肺细胞单细胞转录组分析数据（KAP241646）

PRJDB39791（KAP241646）是一项针对肺细胞的单细胞转录组分析数据集，采用10x Genomics平台生成单细胞RNA测序数据。该数据集收录了来自感染组与对照组非人灵长类肺组织的原始FASTQ文件，旨在刻画肺微环境中的免疫细胞异质性、转录谱特征以及局部免疫反应，为理解宿主对病毒感染及再感染的应答提供数据资源。数据集在站内归入呼吸系统疾病／其他类别，主题标签为Other，来源站点为ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集以原始测序读长为起点，适合具备单细胞数据分析能力的研究者用于肺部免疫细胞组成与转录状态的研究。

【数据集背景】

肺部是呼吸道病毒感染的主要靶器官，感染后肺微环境中的免疫细胞组成、状态与局部应答决定了宿主防御与病理损伤的走向。单细胞转录组技术能够在单个细胞层面解析组织内不同细胞类型的转录特征，从而揭示传统批量测序难以分辨的细胞异质性与免疫反应细节。该数据集正是在这一背景下产生，其目标是对感染与对照条件下非人灵长类肺组织中的免疫细胞异质性、转录谱以及局部免疫反应进行表征，为理解宿主对病毒感染和再感染的应答机制提供资源支撑。项目以非人灵长类为研究对象，这一模型在呼吸道病毒感染研究中具有与人类肺部结构和免疫反应较为接近的特点，因而其单细胞数据对于比较宿主应答具有参考价值。

【数据内容】

该数据集的核心内容是肺细胞的单细胞RNA测序数据，采用10x Genomics平台生成。数据以原始FASTQ文件形式提供，覆盖感染组与对照组两类非人灵长类肺组织样本。作为原始测序数据，FASTQ文件保留了测序读长及其质量信息，是后续进行细胞条形码识别、比对、计数矩阵构建等分析流程的起点。数据集聚焦于肺组织中的细胞群体，特别是免疫细胞的异质性与转录谱特征，因此其潜在信息涵盖不同免疫细胞亚群的区分、各亚群转录状态的变化，以及感染与对照条件下局部免疫反应差异的刻画。源站未提供样本数量、细胞数目、测序深度、读长类型等具体技术参数。

【采集与来源】

数据来源于ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为PRJDB39791，另附KAP241646标识。样本材料为非人灵长类肺组织，分为感染组与对照组，具体感染病原、动物物种、采样时间点与组织处理方式源站未提供。测序在10x Genomics平台上完成，产出为原始FASTQ文件。数据集的站内分类为呼吸系统疾病／其他，主题标签为Other。除上述信息外，样本采集地点、伦理审批信息与项目承担机构等细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肺部免疫学与单细胞转录组学相关研究。典型用途包括：解析感染与对照条件下肺组织中免疫细胞的组成差异与亚群结构；比较不同细胞类型的转录谱特征，识别与感染应答相关的基因表达变化；研究肺微环境中的局部免疫反应及其在病毒感染与再感染过程中的表现；作为方法学研究的测试数据，用于单细胞分析流程的构建与评估；以及作为非人灵长类肺部单细胞数据的参照资源，与其他物种或模型的数据进行比较分析。由于数据为原始FASTQ格式，使用者需自行完成从读长到表达矩阵的完整处理流程。

【使用方法】

使用该数据集通常需要经过标准单细胞RNA测序分析流程：首先从来源站点下载原始FASTQ文件，随后进行读长质控、细胞条形码与分子标签提取、参考基因组比对以及基因表达计数矩阵的构建；在此基础上开展质控过滤、归一化、降维聚类、细胞类型注释与差异表达分析等下游分析。由于数据包含感染组与对照组，分析设计上可将分组作为主要比较变量，考察免疫细胞组成与转录状态在两组间的差异。具体分析参数、参考基因组版本与推荐流程源站未提供，使用者应结合自身研究目的选择合适工具。

【质量与限制】

该数据集提供的是原始FASTQ文件，未提供预处理后的表达矩阵或注释结果，使用者需自行完成数据处理，分析结果在一定程度上依赖所选的比对与质控流程。源站未提供测序质量指标、细胞存活率、批次信息、重复样本数量等质量相关参数，因此难以在数据层面直接评估其技术质量。此外，样本仅涉及非人灵长类肺组织，向人类或其他物种的外推需谨慎。数据用途应限于科学研究，具体使用限制源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站点为ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为PRJDB39791（KAP241646）。源站未提供具体的引用文献、作者列表、数据许可条款与使用协议，使用者在下载与发表相关成果前应自行查阅来源站点的项目页面以获取准确的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB39791

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB39791

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目利用10x Genomics平台从肺部细胞生成了单细胞RNA测序数据。该数据集包含从感染组和对照组非人灵长类动物肺组织中获取的原始FASTQ文件。本项目旨在表征肺微环境中的免疫细胞异质性、转录谱及局部免疫反应，为理解宿主对病毒感染和再感染的应答提供资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别