Histoplasma 物种表型特征数据集

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ac8caa3d2ba79ecd061d71894d6b76ef4d7f7dbd7f516b56b60b469bcd5934bf8

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

组织胞浆菌病是一种地方性真菌病，常表现为免疫功能低下患者的呼吸道感染。全球每年报告数十万例新发感染。该病的病原体组织胞浆菌是一种二形性真菌，常见于土壤中，以菌丝体形式生长。人类可通过吸入组织胞浆菌的孢子（分生孢子）或菌丝颗粒而感染。该真菌在37°C的肺部转变为酵母相。一旦进入肺部，酵母细胞便寄居于肺泡巨噬细胞内并增殖。基因组研究揭示，组织胞浆菌至少由五个在遗传上存在差异的隐存种系组成。其中三个种系已获得新的命名。

在此，我们评估了五种组织胞浆菌系统发育物种菌株的多种表型特征（菌落形态、分泌型蛋白水解活性、酵母大小及生长速率），以识别能够区分不同表型的特征…, , , # 组织胞浆菌属物种的表型特征描述 胞外蛋白水解活性评估： 为评估不同组织胞浆菌属物种的胞外蛋白水解活性，我们将27株组织胞浆菌菌株（表S1）接种于添加了1.5%脱脂牛奶的HMM平板上进行培养。具有蛋白水解活性的菌株在其酵母菌落周围形成清晰的透明圈。 组织胞浆菌酵母培养物的光密度与生长曲线测定： 我们将600微升液体培养物与300微升3M NaOH混合于塑料比色皿中，用封口膜覆盖后涡旋振荡10秒以分散酵母团块，并使用GENESYS 10vis分光光度计（Thermo Spectronic）从第0天开始测量光密度（OD），此后每24小时测量一次，直至第11天。 酵母面积测定： 我们从已去除大酵母团块的酵母培养物中取10微升，与10微升乳酸酚棉蓝染液在载玻片上混合。

使用100X/1.4物镜获取了微分干涉相差（DIC）图像。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。