组织特异性代谢通路区分糖尿病前期、2型糖尿病与正常组织

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD027597

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胰岛缺陷、多组织胰岛素抵抗的进展以及环境因素的共同作用是2型糖尿病（T2D）的主要病因。基于质谱的蛋白质组学对42名多器官捐献者队列的五个关键代谢组织进行了分析，实现了对胰岛、内脏脂肪组织（VAT）、肝脏、骨骼肌和血清蛋白质组的深度覆盖。基因本体（GO）术语富集分析构建了一张组织特异性图谱，呈现了健康对照（CTRL）、糖尿病前期（PD）和T2D受试者中生物学过程改变的时间顺序。这一独特的数据集使我们能够探索多个组织中整个生物学通路和单个蛋白质的改变。我们证实了T2D患者VAT和肌肉中柠檬酸循环和呼吸电子传递的显著下降，并对全部下调蛋白质提供了详尽的可视化呈现。

重要的是，我们在相关生物学通路中发现了广泛的新发改变，包括PD胰岛中止血功能的增强、PD肝脏和胰岛中补体级联反应的增强，以及T2D肝脏中胆固醇生物合成的升高。总体而言，我们的研究结果表明，胰岛中的炎症、免疫和血管损伤可能是T2D早期胰岛素分泌不足和胰高血糖素水平升高的潜在因果因素。相比之下，肝脏中的脂质代谢改变以及VAT/肌肉中的线粒体功能改变则在明显的T2D后期才变得显著。这一首个多组织蛋白质组图谱揭示了T2D发展过程中组织特异性代谢失调的时间顺序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。