Olfactomedin 4作为儿童呼吸道合胞病毒(RSV)感染疾病严重程度的标志物
该数据集来自omicsdi.org，聚焦儿童呼吸道合胞病毒(RSV)感染的疾病严重程度。研究对26名诊断为重度、中度或轻度RSV感染的儿童血液样本进行流式细胞术和全基因组基因表达分析，差异表达基因在第二个80名儿童队列中经三个连续冬季用Q-PCR验证，第二队列及第一队列重症恢复样本也进行了FACS分
基本信息
资源简介
Olfactomedin 4作为儿童呼吸道合胞病毒(RSV)感染疾病严重程度的标志物
该数据集来自 omicsdi.org，聚焦儿童呼吸道合胞病毒（RSV）感染中的疾病严重程度问题。呼吸道病毒感染在幼儿中的临床过程难以预测，可从普通感冒迅速进展为呼吸衰竭，而轻症向重症转变的机制长期不明。为此，研究者在前瞻性研究中采集了26名诊断为重度、中度或轻度RSV感染儿童的血液样本，开展流式细胞术与全基因组基因表达分析，以寻找有助于临床决策的生物标志物。差异表达基因随后在一个包含80名儿童的第二个队列中、跨越三个连续冬季以Q-PCR进行验证，第二队列以及第一队列重症病例的恢复期样本也接受了FACS分析。数据集主题标签为 Transcriptomics，本站归类为呼吸系统疾病 / 其他。
【数据集背景】
呼吸道病毒感染在幼儿中表现出高度不可预测的临床过程，病情范围从普通感冒到呼吸衰竭不等。从轻症向重症的转变发生迅速且难以预判，而疾病严重程度背后的病理生理机制一直未能阐明。临床上有迫切需求更深入地理解该疾病中的免疫反应，从而提出可能辅助临床决策的生物标志物。该数据集正是围绕儿童RSV感染的疾病严重程度展开，试图从免疫与基因表达层面刻画轻、中、重度感染之间的差异。
【数据内容】
数据集的核心内容是对血液样本进行的流式细胞术分析与全基因组基因表达分析。研究对象为26名确诊为重度、中度或轻度RSV感染的儿童。研究识别出的差异表达基因构成后续验证的基础。主题标签为 Transcriptomics，表明数据以转录组层面的基因表达信息为主要内容。除基因表达数据外，流式细胞术（FACS）分析结果也是数据内容的组成部分，覆盖第二队列以及第一队列重症病例的恢复期样本。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。样本采集自被诊断为重度、中度或轻度RSV感染的儿童血液。第一队列包含26名儿童；第二队列包含80名儿童，其样本在三个连续冬季中采集，用于对差异表达基因进行Q-PCR验证，并同时开展FACS分析。第一队列中重症病例的恢复期样本也被纳入FACS分析。源站未提供具体的采样时间点、地点与机构信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究儿童RSV感染严重程度的免疫学与转录组学特征，可用于探索与疾病严重程度相关的差异表达基因及候选生物标志物，也可用于比较轻、中、重度感染之间免疫反应差异的分析场景。由于包含跨三个连续冬季的第二队列验证数据，亦适合用于考察候选标志物在不同季节队列中的可重复性。源站未提供其他具体应用场景的说明。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。可确认的是，差异表达基因经Q-PCR在第二队列中验证，FACS分析在第二队列及第一队列重症恢复样本中开展，这些分析层次可作为理解数据结构的依据。源站未提供数据访问方式、文件格式或分析流程的细节。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、缺失值处理或批次效应控制的具体信息。就研究设计而言，第一队列样本量为26名儿童，第二队列为80名儿童，验证覆盖三个连续冬季。源站未提供其他限制条件的说明。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
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暂未开放公开下载
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-69606
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
呼吸道病毒感染在幼儿中的临床病程难以预测，轻则表现为普通感冒，重则发展为呼吸衰竭。从轻症向重症的转变发生迅速且难以预判。疾病严重程度背后的病理生理机制至今仍不明确。迫切需要更深入地了解该病中的免疫反应，以发现有助于临床决策的生物标志物。在一项前瞻性研究中，对26名诊断为重度、中度或轻度呼吸道合胞病毒（RSV）感染儿童的血液样本进行了流式细胞术和全基因组基因表达分析。差异表达基因在第二个队列（80名儿童，连续三个冬季季节）中通过Q-PCR进行了验证。第二个队列以及第一个队列中重症病例的恢复期样本也进行了FACS分析。重度RSV感染与外周血中CD4+ T细胞、CD8+ T细胞和NK细胞的短暂但显著减少相关。
在两个队列中进行的基因表达分析均发现，Olfactomedin4（OLFM4）是区分轻度和重度RSV感染儿童的完全判别性标志物，PAM交叉验证误差为0%。在校正住院时年龄和胎龄后，OLFM4基因表达水平高于-7.5的患者发生重症的可能性是其他患者的6倍。总之，通过将血细胞亚群的全基因组表达谱分析与临床注释完善的样本相结合，OLFM4被确定为儿童RSV感染严重程度的生物标志物。研究采集了26例急性RSV感染患者的样本，分为轻度（n=9）、中度（n=9）和重度（n=8）疾病。中度和重度疾病患者还采集了恢复期样本。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
