Grainyheadlike转录因子在人黏液纤毛气道上皮建立与维持中的多重作用

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-44718

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人肺气道内衬着由纤毛和分泌型腔面细胞以及未分化的p63+ Krt5+基底细胞构成的上皮。该上皮的完整性及其作为选择性屏障的能力对正常肺功能至关重要。在其他上皮中，有证据表明进化上保守的grainyheadlike（GRHL）家族转录因子在协调上皮形态发生、分化、重塑和修复所需的众多蛋白质表达中发挥关键作用。然而，它们在成体肺中的功能知之甚少。在此，我们聚焦于GRHL2在原代人支气管上皮（HBE）细胞中的作用，使用shRNA或显性负性蛋白（DN-GRHL2）抑制其功能。我们通过RNA-seq或微阵列分析，追踪未分化基底细胞以及在气液界面培养中分化为具有跨上皮电阻的黏液纤毛上皮的细胞中上皮表型和基因转录的变化。我们鉴定出数百个直接或间接由GRHL2调控的基因。

利用ChIP-seq技术绘制基底细胞中GRHL2的结合位点，我们鉴定出7，687个潜在的主要靶点，并证实GRHL2结合在GRHL调控基因附近显著富集。大量潜在GRHL2靶点中的不同亚群似乎在基底细胞和分化细胞中具有活性。综上所述，这些结果有力地支持了以下假说：GRHL2在调控人气道上皮的许多生理功能中发挥关键作用，包括涉及细胞黏附、极性和形态发生的功能。冷冻保存的原代人支气管上皮（HBE）细胞取自三名供体。将40%汇合度的第2代细胞感染H2B-GFP或DN-GRHL2慢病毒，48小时后加入1 mg/ml嘌呤霉素。待细胞汇合后，加入0.5 mg/ml多西环素处理24小时。对所有六个样本进行了RNA-seq，此外

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。