Grainyhead-like转录因子在人黏液纤毛气道上皮建立与维持中的多重作用（ChIP-Seq）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-46194

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数据说明

人肺气道内衬着由纤毛和分泌型腔面细胞以及未分化的p63+ Krt5+基底细胞构成的上皮。该上皮的完整性及其作为选择性屏障的能力对正常肺功能至关重要。在其他上皮中，有证据表明进化上保守的grainyheadlike（GRHL）家族转录因子在协调上皮形态发生、分化、重塑和修复所需的众多蛋白质表达中发挥关键作用。然而，它们在成体肺中的功能知之甚少。在此，我们聚焦于GRHL2在原代人支气管上皮（HBE）细胞中的作用，使用shRNA或显性负性蛋白（DN-GRHL2）抑制其功能。我们通过RNA-seq或微阵列分析，追踪未分化基底细胞以及在气液界面培养中分化为具有跨上皮电阻的黏液纤毛上皮的细胞中上皮表型和基因转录的变化。我们鉴定出数百个直接或间接由GRHL2调控的基因。

利用ChIP-seq技术绘制基底细胞中GRHL2的结合位点，我们鉴定出7，687个潜在的主要靶点，并证实GRHL2结合在GRHL调控基因附近显著富集。大量潜在GRHL2靶点中的不同亚群似乎在基底细胞和分化细胞中具有活性。综上所述，这些结果有力地支持了以下假设：GRHL2在调控人气道上皮的许多生理功能中发挥关键作用，包括涉及细胞黏附、极性和形态发生的功能。冷冻的原代人支气管上皮（HBE）细胞取自三名供体，并在标准培养条件下培养至汇合。细胞用甲醛交联，并按每名供体约2000万个细胞分装收集。随后相对于in

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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