Mav-PD 治疗期间鸟分枝杆菌全基因组测序数据集

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT06266442

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：鸟型分枝杆菌、分枝杆菌感染、非结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌肺病、呼吸道疾病。鸟型分枝杆菌复合群（MAC）是非结核分枝杆菌（NTM）的一个亚群，通常存在于土壤和水中，可引起肺部疾病。MAC的治疗具有挑战性，通常需要长期使用三种或更多种抗生素，且根除率欠佳。Mac-WGS是一项观察性研究，旨在了解鸟型分枝杆菌的新菌株是否导致治疗期间痰培养持续阳性。研究期间将对Mav-PD患者痰液中的鸟型分枝杆菌分离株进行全基因组测序（WGS）。此外，还将收集家庭环境样本并进行测序，以确定任何家庭感染来源。作为一项观察性研究，参与者将根据医生的判断接受常规标准治疗。标准治疗包括每月提交痰液。M

治疗前及治疗期间每三个月从痰液中分离的鸟分枝杆菌（直至痰培养转为阴性）将进行全基因组测序（WGS）分析。若痰培养再次转为阳性，分离出的病菌也将进行全基因组测序分析。将确定是否始终存在同一菌株的鸟分枝杆菌，或是否存在一种以上的菌株，后者提示多菌株感染或治疗期间获得新的鸟分枝杆菌菌株。此外，参与者的家庭环境样本（即水龙头和淋浴喷头生物膜）将被培养，以确定是否能回收鸟分枝杆菌，若能回收，则将通过WGS分析以评估其是否与参与者痰液中的菌株相同。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。