HIV相关阻塞性肺疾病肺部蛋白质组与代谢组内型

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Afdc8ed8942787c4886ad7d33a70b0b5cddf768f2057c7de36ade652c07529ece

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

摘要
目的：阻塞性肺疾病在HIV感染者中日益常见，无论吸烟者还是非吸烟者均是如此。我们采用适配体蛋白质组学技术，旨在识别HIV相关阻塞性肺疾病中的蛋白质及相关通路。方法：从26例合并阻塞性肺疾病的HIV感染者中采集支气管肺泡灌洗液（BALF）样本，并根据年龄、吸烟状态及抗逆转录病毒治疗情况，与未合并阻塞性肺疾病的HIV感染者进行匹配。采用基于SomaScan适配体的检测方法测定6，414种蛋白质。我们使用稀疏距离加权判别分析（sDWD）检验蛋白质表达的差异，并采用置换检验识别蛋白质与第一秒用力呼气容积占预计值百分比（FEV1pp）之间的单变量关联。将显著相关的蛋白质纳入通路过表征分析（ORA）。我们还通过K均值聚类构建了蛋白质驱动的内型，并对聚类间存在显著差异的蛋白质进行ORA。我们将蛋白质相关聚类与同一患者队列BALF及血浆代谢组学数据所获得的聚类进行了比较。

结果：经过滤，我们保留了3872种蛋白质用于进一步分析。基于sDWD，蛋白质表达能够区分病例和对照。经过多重比较校正后，我们发现575种蛋白质与FEV1pp显著相关。我们识别出两种由蛋白质驱动的内型，其中一种与肺功能不良相关，并发现胰岛素和凋亡通路存在差异表达。我们在BALF中发现了由代谢组学驱动的类似聚类，但在血浆中未发现。结论：在有或无阻塞性肺疾病的HIV感染者中，蛋白质表达存在差异。我们未能基于FEV1pp识别出患者间差异表达的特定通路；然而，我们识别出一种与胰岛素和凋亡通路相关的独特蛋白质内型。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。