与Th17免疫表型相关的厌氧菌富集肺部微生物组

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-74395

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在先前的一份报告中，我们在健康受试者中观察到了两种截然不同的肺部微生物组，我们将其称为“肺炎型”：肺炎型SPT，其特征是高细菌载量和声门上优势菌群（SPT），如厌氧菌普雷沃菌属和韦荣球菌属；以及肺炎型BPT，其细菌负荷低，背景优势菌群（BPT）见于生理盐水灌洗液和支气管镜中。在此，我们在一项健康受试者的多中心研究中确定了这两种截然不同的肺部微生物组类型的患病率。我们证实，约45%的健康个体中存在富含上呼吸道微生物的下气道微生物组（肺炎型SPT）。横断面多中心队列。来自三个队列的49名健康受试者的BAL通过16S rDNA测序评估了下气道微生物组，并通过分类学分配以计算方式推断了微生物基因内容（宏基因组）。来自总共100个样本的扩增子均带有条形码；每个样本的条形码和其他临床特征（例如炎症生物标志物和代谢组数据）提供在“Pneumotype.sep.Map.A1.txt”文件中。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。