重症COVID-19中SARS-CoV-2感染的局部固有免疫受损

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/35d0b748-3eed-43a5-a1c4-1dade5ec5ca0

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SARS-CoV-2感染可导致严重的呼吸道COVID-19。然而，许多个体仅表现出上呼吸道症状，提示病毒病理可能局限于鼻咽部。SARS-CoV-2主要靶向哪些细胞以及感染如何影响呼吸道上皮，目前尚不完全清楚。我们对58名健康和COVID-19参与者的鼻咽拭子进行了scRNA-seq。在COVID-19期间，我们观察到分泌细胞扩增、纤毛细胞减少，以及通过deuterosomal细胞扩增实现上皮细胞再增殖。在轻度和中度COVID-19中，上皮细胞表达抗病毒/干扰素反应基因，而重症COVID-19中的细胞尽管病毒载量相当，但抗病毒反应减弱。SARS-CoV-2 RNA+宿主靶细胞高度异质，包括发育中的纤毛细胞、干扰素反应性纤毛细胞、AZGP1高表达杯状细胞和KRT13+“小丘”样细胞，我们还鉴定了与易感性、抗性或感染反应相关的基因。

我们的研究定义了针对SARS-CoV-2的保护性和有害反应，以及感染的直接病毒靶标，并提示鼻上皮抗病毒免疫失败可能是重症COVID-19的基础并先于其发生。疾病：COVID-19、长期COVID-19、正常、呼吸衰竭。组织：鼻咽。检测方法：Seq-Well S3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。