用于检测心脏病毒的人呼吸道与粪便样本

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-11569

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

心脏病毒属是微小核糖核酸病毒科的一个属，可导致啮齿动物严重疾病，但关于此类病原体在人类中的流行率、多样性或疾病谱知之甚少。我们报告了一组人类心脏病毒的鉴定，这些病毒已直接从患者标本中检测并克隆（Chiu and DeRisi, et al, PNAS, 2008）。本系列包括9个芯片（原始数据和标准化数据），用于检测人类呼吸道和粪便标本中的心脏病毒。此处使用的芯片能够进行泛病毒检测（Wang and DeRisi, et al., PNAS, 2002）。关键词：病毒检测、心脏病毒、TMEV、胃肠炎。本系列包括3个来自呼吸道样本的芯片和6个来自粪便样本的芯片。在3个呼吸道样本芯片中，1个芯片具有腺病毒特征，1个芯片具有人类偏肺病毒特征，1个芯片具有心脏病毒UC1特征（见Chiu and DeRisi, et al., PNAS, 2008）。所有6个粪便样本芯片均为心脏病毒阳性；部分显示与其他胃肠炎病毒（即诺如病毒、轮状病毒等）双重感染的证据。

输入E-Predict（Urisman等，《Genome Biology》，2005年）的样本记录数据
E-Predict归一化指标
阵列归一化：求和
E-Matrix归一化：二次距离
度量：皮尔逊非中心化

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。