肺气肿与健康中异质性肺泡II型细胞的高分辨率分析揭示受损肺泡再生的气道来源

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE218813

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺气肿是慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要病理表型，其特征是由烟草烟雾和空气污染等多种应激因素引起的进行性和不可逆的肺泡组织破坏。由于对组织修复失败背后的细胞和分子机制了解不完全，该病目前仍无法治愈。在此，我们生成了一个单细胞RNA测序数据集，该数据集来自COPD患者肺气肿实质肺组织和健康对照者的富集上皮细胞。利用该数据集，我们对78,699个ATII细胞进行了高分辨率分析，并揭示了重度肺气肿和健康状态中新的ATII细胞亚群。其中包括在COPD中表达多种分泌球蛋白mRNA的两个ATII亚簇（SCGBpos），与健康亚簇相比，它们呈现出不同的转录组谱。这些存在于人类COPD中的ATII亚簇也在小鼠肺气肿模型中被发现。

重要的是，来自两个物种的COPD特异性ATII细胞均显示出气道来源，并且在类器官培养中未能进行肺泡分化，因此提示在肺气肿发病机制中存在一个共同的机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。