烟曲霉感染人树突状细胞后的基因表达谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE6965

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DCs定位于肺和胃肠道的黏膜下，因此当真菌开始侵袭时，在感染的早期阶段便与烟曲霉芽管紧密接触。为了更深入地了解差异调控的基因，进行了全基因组微阵列分析。平均而言，未受刺激的DCs表达约13，500个基因（占芯片上所有点样基因的35%）。在DCs与活烟曲霉芽管共培养6小时后，若事先使用VSN对数据进行归一化处理，则有590个基因显示出4倍的表达变化。其中，广泛范围的免疫应答基因发生了差异调控，包括编码细胞因子（IL-1α、IL-1β、IL-6、IL-8、IL-10、IL-12p40、TNF-α）、趋化因子（CCL5、CCL20、CXCL10）、免疫相关受体（TLR2、TLR4、PTX-3）以及共刺激分子（CD40、CD80、CD83、CD86）的基因。关键词：树突状细胞，烟曲霉芽管，6小时感染，Affymetrix全基因组微阵列分析

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。