甲型流感呼吸道感染小鼠离体分离肺泡II型上皮细胞转录组学

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE57008

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：甲型流感病毒（IAV）感染周期性地在人群中引起大量发病和死亡。在肺部，IAV复制的主要靶细胞是II型肺泡上皮细胞（AECII），人们日益认识到其免疫潜力。然而，我们对AECII在抗IAV免疫中作用的认识尚不完整，且其在体内对感染的反应尚未得到评估。为了增进对其在宿主对IAV感染应答中作用的了解，我们分析了从感染小鼠中分离的原代AECII的转录调控。结果：对IAV感染后前三天分离的AECII进行微阵列分析，揭示了广泛的转录调控。鉴定出大量差异表达的转录本，与全肺组织相比，显示AECII在呼吸道抗IAV应答中贡献显著。I型干扰素在检测到的基因表达谱中起主要作用，功能通路分析显示AECII在病原体识别、细胞招募和抗原呈递方面高度活跃。

对Toll样受体7（TLR7）缺陷小鼠的分析表明，AECII依赖于宿主对这种先天性IAV传感器的表达来激发其全面反应。重要的是，AECII的转录谱与感染动物肺部检测到的细胞募集和I型干扰素水平相关。结论：对原代小鼠AECII进行的离体分析被证明是增进我们对感染中AECII生物学理解的有力工具。我们的分析揭示了AECII通过整合周围细胞提供的信号和直接病原体识别，对局部宿主防御做出了异常强大的贡献。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。