全肺与肺巨噬细胞基因表达反映气道表面脱水相关动态病理（左叶）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE47546

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

Scnn1b-Tg小鼠在气道Club细胞中过表达上皮钠通道β亚基(Scnn1b)。这些小鼠的一般表型已在三篇已发表的手稿中描述(Mall et al. 2004, Nature Medicine, 10(5):487-93; Mall et al. 2008, Am J Respir Crit Care Med. 177(7):730-42; Livraghi-Butrico et al. 2012, Physiol. Genomics 44(8):470-84; 以及 Livraghi-Butrico et al. 2012, Mucosal Immunology 5(4):397-408)。简言之，Scnn1b转基因在气道Club细胞中的过表达导致气道表面液体中钠的过度吸收，从而引起气道表面液体和黏液脱水，导致黏液清除减少和气道黏液阻塞。此处提供的数据代表来自雄性WT和Scnn1b转基因同窝仔鼠(C57Bl/6NTac背景)在4个时间点[出生后天数(PND)0、3、10和42]解剖的全肺的mRNA表达数据。组织学上，PND 0肺正常，PND 3时肺内气道表现出短暂且散在的Club细胞坏死，到PND 10时肺内主支气管近端部分可见明显的气道黏液阻塞。

在出生后第42天（PND 42），Scnn1b-Tg小鼠肺部表现为慢性低水平炎症，伴有活化的巨噬细胞、中性粒细胞增多、嗜酸性粒细胞增多以及支气管相关淋巴组织发生率增加。来自野生型（WT）小鼠的数据提供了mRNA出生后发育变化的全局视图，而来自Scnn1b转基因品系的数据则使得能够查询由气道表面液体脱水及黏液阻塞引起的差异基因表达。所呈现的肺部数据是评估肺（仅左叶）、气管和纯化巨噬细胞（来自支气管肺泡灌洗液）基因表达这一更大规模工作的一部分。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。