迁移中性粒细胞对T84肠上皮细胞的转录印记

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39681

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

中性粒细胞在隐窝脓肿中的积聚是溃疡性结肠炎的病理学标志。基于近期关于黏膜代谢改变影响疾病结局的证据，我们假设迁移中的中性粒细胞会影响肠上皮的转录谱。微阵列研究揭示了一组受中性粒细胞-上皮细胞交互作用调控的缺氧反应基因。实时O2传感表明，迁移中的中性粒细胞迅速耗竭微环境中的O2，足以稳定肠上皮细胞缺氧诱导因子(HIF)。利用TNBS结肠炎模型中的HIF报告小鼠，我们研究了中性粒细胞和呼吸爆发对体内“炎症性缺氧”的相对贡献。Gp91phox缺失小鼠（模拟人类慢性肉芽肿病）与对照组相比，出现了加重的结肠炎，表现为中性粒细胞浸润加剧和炎症性缺氧减弱。总之，浸润性中性粒细胞对宿主组织的转录印记调节了宿主对炎症的反应。

同样，呼吸爆发对局部氧气耗竭、由此产生的微环境缺氧以及有效的炎症消退起着根本性作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。