GSE36906：猪囊性纤维化肺气道表面pH降低损害细菌杀灭

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE36906

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

囊性纤维化（CF）是一种由囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）基因突变引起的缩短寿命的疾病。尽管细菌性肺部感染及其引发的炎症导致了大多数发病和死亡，但CFTR缺失最初如何破坏气道宿主防御仍不清楚。我们提出疑问：当细菌落在新生儿CF气道洁净表面时，是何种异常损害了细菌清除？为探究这一缺陷，我们检测了固定在固体网格上并置于气道表面的单个细菌的存活能力。作为模型，我们研究了CF猪，其自发出现CF肺病的标志性特征。出生时，它们的肺部无感染和炎症，但清除细菌的能力降低。在此我们表明，在新生野生型猪中，薄层气道表面液体（ASL）在体内、从肺取出后以及原代上皮培养中均能快速杀灭细菌。CFTR缺失降低了细菌杀灭能力。我们发现CF中ASL pH更偏酸性，而降低pH抑制了ASL的抗菌活性。

降低ASL pH值会削弱野生型猪的细菌杀灭能力，而提高ASL pH值则能恢复CF猪的杀菌功能。这些结果直接将初始宿主防御缺陷与CFTR缺失联系起来，CFTR是一种促进HCO3-转运的阴离子通道。缺乏CFTR时，气道上皮HCO3-分泌功能受损，ASL pH值下降，从而抑制抗菌功能，进而影响对进入新生儿肺部的细菌的杀灭效果。这些发现提示，提高ASL pH值或可预防CF患者的初始感染，且检测ASL pH值或细菌杀灭能力可作为治疗干预效果的指标。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。