MSCs或tpMSCs治疗急性肺损伤小鼠肺单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348770

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性肺损伤（ALI）是一种危及生命的综合征，以弥漫性肺泡损伤、过度炎症以及肺泡上皮细胞线粒体功能障碍为特征，其修复依赖于功能性线粒体从供体间充质基质细胞（MSCs）向受损上皮的转移。在此，我们用mTPT（一种靶向线粒体的胶束）对MSCs进行表面工程化改造，以生成治疗性编程MSCs（tpMSCs）。为了表征受损肺的细胞图谱以及对基于MSC治疗的反应，我们通过10x Genomics Chromium单细胞RNA测序（scRNA-seq）对四组BALB/c小鼠的全肺进行了分析：健康对照（Normal）、缺氧加LPS诱导的ALI模型（Model）、接受MSCs治疗的ALI（MSCs）以及接受tpMSCs治疗的ALI（tpMSCs）。每组5只小鼠的等量活细胞被合并为每种条件下的一个单细胞悬液。该数据集为解析受损肺的上皮、内皮、髓系和间充质区室，以及评估靶向线粒体的MSC工程化改造作为一种治疗策略，提供了单细胞资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。