基于TGIRT-seq的5个健康小鼠器官snoRNA定量数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE347079

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小核仁RNA（snoRNA）是一类具有结构化特征的非编码RNA，在标准RNA-seq方案中常被低估定量，因为其紧凑的二级结构阻碍了高效逆转录。TGIRT-seq依赖于一种热稳定的II组内含子逆转录酶，该酶具有高保真度、持续合成能力和耐结构活性，因此特别适合准确捕获和定量这类RNA。本数据集呈现了一个TGIRT-seq图谱，该图谱由五种健康小鼠器官（骨、结肠、性腺、肝和肺）的核糖体去除总RNA生成，能够利用补充了更新的小鼠snoRNA注释和来自GtRNAdb的tRNA基因注释的基因组注释，实现对snoRNA以及mRNA、lncRNA和其他结构化非编码RNA（如tRNA）的准确定量。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。