重症流感肺部宿主-病原双筛空间转录组数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE341918

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在此，我们评估了空间分辨的polyadenylated mRNA捕获是否允许原位同时筛选宿主和病毒反应。通过10 μm分辨率的全基因组空间转录组学（ST）处理了感染H1N1甲型流感毒株PR8小鼠的新鲜冷冻肺样本。为了确定ST数据中是否能检测到特定细胞类型，我们首先使用来自PR8感染肺部的免疫和非免疫细胞的公开单细胞RNA-seq数据进行细胞去卷积。这揭示了预期结构，如衬覆气道周围的上皮细胞环，以及在感染后第10天（p.i.）出现的以B细胞为主的非预期结构。接下来，我们单独筛选ST数据中显示相似空间表达模式的基因群。这再次在感染后第10天识别出富含与B细胞生物学相关基因的细胞聚集体。将这些基因特征映射到B细胞转录组图谱表明，浆母细胞在肺部早期出现，这通过流式细胞术得到证实。

最后，通过将ST数据映射到甲型流感病毒基因组，我们观察到感染后第4天所有十个病毒转录本在各样本中广泛表达，而第10天则未见表达，这与病毒清除过程一致。感染后第4天的细胞去卷积分析显示，所检测到的每种细胞类型中均含有病毒转录本，表明在所检查的特定组织区域内存在无差别感染。随后的全切片免疫组化评估进一步支持了局部无差别感染的现象，这些区域邻近感染轻微的区域。因此，组织内mRNA的空间筛查能够同时揭示病毒致病机制和宿主对感染的反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。