全转录组分析揭示健康、脓毒症及脓毒症相关ARDS的RNA表达动态与ceRNA网络重塑[RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE341493

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征（ARDS）是感染相关器官功能障碍的一种严重表现，其特征为免疫炎症反应失调和组织屏障破坏。然而，从脓毒症进展为脓毒症相关ARDS所涉及的全转录组改变仍未被充分阐明。因此，本研究旨在系统刻画健康对照、无ARDS的脓毒症患者及脓毒症相关ARDS患者外周血中mRNA、长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）和微小RNA（miRNA）的表达模式。方法：共纳入12名参与者，包括4名健康对照（HC组）、4例无ARDS的脓毒症患者（SWA组）和4例脓毒症相关ARDS患者（SA组）。采集外周血样本并进行全转录组测序。采用趋势分析识别在HC–SWA–SA序列中呈单调升高或降低的转录本。随后进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析。

还进行了靶基因预测和表达相关性分析，以构建竞争性内源RNA（ceRNA）调控网络。结果：所有测序数据集均通过质量控制，适合后续分析。共鉴定出773个趋势基因，其中350个逐渐上调，423个逐渐下调。这些基因主要富集于免疫反应、细胞黏附、细胞因子产生、细胞外基质相关过程、MAPK和PI3K–Akt信号通路、整合素信号传导、黏着斑、ECM–受体相互作用以及抗原加工和呈递。共鉴定出189个趋势lncRNA、252个趋势circRNA和6个趋势miRNA。其预测功能与RNA代谢、翻译调控相关

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。