昼夜节律时钟基因调控与感染中copy-back病毒基因组的选择性重编程

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE337458

标准获取流程：

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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

生物钟调控着包括宿主对感染反应在内的基本细胞过程。然而，其与驱动抗病毒免疫机制的交集仍鲜有探索。病毒复制过程中产生的回环病毒基因组（cbVGs）在负义RNA病毒感染期间强烈刺激免疫。在此，我们证明模型肺上皮细胞A549具备生物钟功能，并通过在活跃感染时间线上以单细胞分辨率追踪生物钟，显示仙台病毒感染逐步破坏分子钟架构，且主要由cbVGs驱动。此外，我们发现MAVS信号对诱导生物钟激活组分ARNTL2至关重要，而PKR信号则是cbVG特异性诱导抑制性组分NR1D1、NR1D2和PER1所必需的。在感染cbVG高载量呼吸道合胞病毒株的细胞中观察到类似的cbVG特异性特征，表明cbVG驱动的生物钟重编程可延伸至系统发育上不同的负义RNA病毒。

此外，我们通过功能获得和功能缺失实验证实，ARNTL2在放大感染转录反应中具有功能性必要性，并对包括CCL5在内的特定抗病毒基因表达产生选择性影响。综上所述，这些发现表明，宿主生物钟会被病毒复制过程中产生的部分病毒基因组主动干扰，而特定的生物钟基因则被重新利用以增强宿主对感染的应答。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。