IRF1 rs2057656多态性通过等位基因特异性表观遗传抑制调控ARDS中IRF1-AS1转录与免疫功能障碍[ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE329993

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性呼吸窘迫综合征（ARDS）是一种严重且危及生命的呼吸衰竭类型。目前缺乏有效的靶向治疗，且患者异质性显著。干扰素调节因子1是一种参与ARDS发病机制的关键炎症转录因子，其遗传调控机制尚不明确。通过整合临床队列与全基因组关联研究，我们在IRF1的反义启动子中发现了一个功能性单核苷酸多态性rs2057656。C等位基因显著增加ARDS风险（比值比=3.39）。该变异调控局部DNA甲基化，从而调节反义转录本IRF1-AS1的表达，介导IRF1启动子处的组蛋白去乙酰化，并建立了一个表观遗传级联——DNA甲基化、反义RNA和组蛋白修饰——控制IRF1转录和肺部炎症。外源性递送IRF1-AS1可减轻C等位基因小鼠的ARDS。我们的研究系统阐明了调控IRF1表达和ARDS易感性的表观遗传机制，并确定了一个基于基因型的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。