肺类器官在CSD5、CSD14和ND14阶段的基因表达谱

样本涉及正常及COPD来源的肺类器官培养,COPD模型基于香烟烟雾暴露的小鼠模型。数据可用于比较不同阶段及COPD背景下肺类器官的转录组差异,支持呼吸系统疾病相关机制探索与表达模式分析(来源 NCBI)

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基因组分类Expression profiling by arrayGPL1657010090
GSE324112: Gene expression profiling of lung organoids at CSD5, CSD14, and ND14 stages.

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-24

资源简介

肺类器官在CSD5、CSD14和ND14阶段的基因表达谱

GSE324112 是一个面向呼吸系统疾病研究的基因表达谱数据集,主题为肺类器官在 CSD5、CSD14 与 ND14 三个阶段的表达谱分析。该数据集来源于 NCBI,收录于呼吸系统疾病分类之下,包含 1 个数据文件,文件样例为 GSE324112_series_matrix.txt.gz。样本涉及正常来源以及 COPD 来源的肺类器官培养,其中 COPD 模型基于香烟烟雾暴露的小鼠模型建立。数据可用于比较不同阶段以及 COPD 背景下肺类器官的转录组差异,为呼吸系统疾病相关机制探索和表达模式分析提供支持。整体而言,该数据集围绕肺类器官培养与慢性阻塞性肺疾病模型展开,适合关注转录组表达变化的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集关注肺类器官在体外培养过程中的基因表达特征,并以慢性阻塞性肺疾病(COPD)为疾病背景。源站描述指出,肺类器官培养同时涵盖正常来源与 COPD 来源,而 COPD 模型来自香烟烟雾暴露的小鼠模型。这一设计使得数据集能够同时反映正常培养条件与疾病相关条件下的表达状态,为理解肺类器官在不同阶段及疾病背景下的转录组变化提供基础。数据集的主题标签包括表达谱芯片分析、平台编号 GPL16570 以及物种编号 10090,表明其属于微阵列表达谱研究,物种为小鼠。

【数据内容】

数据集英文名与源站标题一致,均为“Gene expression profiling of lung organoids at CSD5, CSD14, and ND14 stages”,即肺类器官在 CSD5、CSD14 和 ND14 阶段的基因表达谱分析。数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE324112_series_matrix.txt.gz,属于系列矩阵文件形式,通常用于汇总样本层面的表达信息。主题标签显示其属于表达谱芯片(Expression profiling by array)类型,涉及平台 GPL16570 与物种编号 10090。数据内容围绕不同阶段与不同来源的肺类器官样本展开,可用于比较阶段间以及 COPD 背景下的表达差异。

【采集与来源】

数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Syahidatulamali、C、Shaffi,发布时间为 Mar 06 202。源站描述说明,肺类器官培养涵盖正常与 COPD 来源,COPD 模型基于香烟烟雾暴露的小鼠模型。数据集的分类归属为呼吸系统疾病 / 其他。除上述信息外,关于样本采集的具体流程、培养条件细节、测序或芯片实验步骤等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于比较肺类器官在 CSD5、CSD14 与 ND14 不同阶段的转录组差异,也适用于在 COPD 背景下与正常来源类器官进行表达模式对比。其主题标签表明数据属于表达谱芯片分析,可用于呼吸系统疾病相关机制探索与表达模式分析。研究者可借助该数据观察不同阶段及疾病背景下的基因表达变化,为后续假设提出与验证提供参考。关于具体的分析方向与结论,源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE324112_series_matrix.txt.gz,按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以保证后续分析的一致性与准确性。由于数据集仅包含 1 个文件,使用时应以该系列矩阵文件为主要数据入口。关于配套的分析流程、标准化方法或注释信息,源站未提供。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个文件,样本数量、重复设置、批次信息等均未在现有信息中说明,源站未提供相关质量控制指标。数据集发布时间为 Mar 06 202,具体年份信息不完整。作者信息列出 Syahidatulamali、C、Shaffi。关于数据完整性、缺失值处理、归一化方法及平台注释的详细情况,源站未提供。使用者在接入分析前应自行核对字段与编码,并结合研究目的评估适用性。

【引用与许可】

数据集作者为 Syahidatulamali、C、Shaffi,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款与使用限制,源站未提供。使用者在引用或再分发数据前,应遵循来源站的相关规定。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324112

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺类器官培养:正常来源及COPD小鼠模型香烟烟雾暴露来源的COPD类器官。我们采用微阵列技术分析正常及COPD来源三维类器官模型发育过程中调控肺干细胞再生潜能的分子机制与通路。

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