肽酰精氨酸脱亚胺酶2对成纤维细胞基础及TNFα诱导基因表达的调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307854

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数据说明

目的：肽酰精氨酸脱亚氨酶（PADs）调节免疫细胞功能，并参与类风湿关节炎（RA）的发生发展，而RA常与间质性肺病（ILD）并存。成纤维细胞具有器官特异性功能，并在RA和ILD中发挥致病作用。本研究旨在探讨PADs在调控不同器官来源成纤维细胞基因表达中的细胞自主性作用。方法：从野生型、PAD2缺陷型或PAD4缺陷型小鼠中获取各器官成纤维细胞及硫代乙醇酸盐诱导的腹腔细胞。对原代人肺成纤维细胞进行CRISPR介导的PAD2敲除。采用bulk RNA测序鉴定PAD2调控的基因。随后通过定量PCR、流式细胞术和/或ELISA确认差异表达，并测定基础和TNFα诱导的基因表达。结果：肺成纤维细胞中PAD2转录水平随年龄增长而升高，而其他器官来源的成纤维细胞中未观察到这一趋势。

虽然PAD2缺陷对肺成纤维细胞整体转录组的影响有限，但其在各小鼠器官来源的成纤维细胞及人肺成纤维细胞中均持续降低Podoplanin（PDPN）和TNFRSF1b的表达。在所有成纤维细胞来源中，肺成纤维细胞的IL-6表达最高。值得注意的是，PAD2缺陷而非PAD4缺陷可减弱肺和滑膜（而非其他器官）来源成纤维细胞中TNFα诱导的IL-6表达。结论：PAD2在肺成纤维细胞中以年龄依赖的方式表达，并基于器官来源（尤其是肺和滑膜）以细胞自主方式调控TNFα诱导的成纤维细胞基因表达。这些发现提示PAD2在类风湿关节炎（RA）中具有新的致病作用，并为观察到的肺-滑膜联系提供了合理解释。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。