持续基于NRTI的抗逆转录病毒治疗诱导肺泡巨噬细胞渐进性衰老样重编程[snMultiomics]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307326

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：抗逆转录病毒治疗（ART）的进步显著改善了HIV感染者（PWH）的生活质量，并通过暴露前预防（PrEP）降低了HIV的感染风险。然而，ART对细胞生理状态的长期影响仍知之甚少。尽管ART在阻止HIV感染进展为艾滋病方面取得了成功，但老龄PWH正承受着包括肺部疾病在内的非艾滋病合并症的过重负担。方法：鉴于肺泡巨噬细胞（AM）在肺部免疫中的核心功能，我们评估了基于核苷类逆转录酶抑制剂（NRTI）的ART对PWH及PrEP使用者AM的影响。我们采用回顾性横断面设计，在批量和单核多组学水平上评估了持续暴露于ART对AM表观遗传和转录的影响。

结果：我们发现，持续基于NRTI的ART会在AM中诱导一种进行性的衰老样促炎状态，其特征是细胞周期阻滞相关基因（如CDKN1A/p21）、衰老相关分泌表型组分（如IL1A、IL6R和CXCL8）以及AP-1家族转录因子亚基（如FOSL1、JUN）的组成型表观遗传和转录组启动增强。在AM单核水平上，我们描述了一个协调的基因调控网络，将关键促炎转录因子与ART诱导的转录组改变联系起来。与衰老相关的ART表观遗传和转录组变化强烈依赖于ART持续时间，且与HIV感染无关。对于干扰素信号基因，观察到次要的时间非依赖性ART效应。这种效应在接受PrEP的人群中更为明显，并损害了AM对SARS-CoV-2离体攻击的反应。结论：综合来看，我们的数据表明，持续基于NRTI的ART促进了AM中失调的生理状态，可能促成了与年龄相关的肺部

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。