GSE300023：多组学揭示SARS-CoV-2清除中与抗体依赖细胞介导细胞毒性相关的免疫景观和分子特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE300023

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数据说明

针对SARS-CoV-2感染的免疫应答，尤其是中和抗体的产生，已被广泛研究。除直接中和作用外，抗体还可通过与自然杀伤（NK）细胞结合来清除受感染细胞。然而，在SARS-CoV-2清除过程中，NK细胞在体内与感染诱导的抗体协同作用的分子和细胞机制仍不清楚。在此，我们分析了一组从初始SARS-CoV-2感染中康复的患者队列，以剖析病毒清除与抗体依赖性细胞毒性（ADCC）之间的关系。我们发现，患者血浆的ADCC能力与较慢的病毒清除速率及血液滤泡辅助性T（Tfh）细胞簇相关。为阐明诱导ADCC的抗体在SARS-CoV-2感染中的作用，我们分离了一株具有强ADCC活性的单克隆抗体（mAb）。该诱导ADCC的mAb引发了与病毒RNA转录和蛋白质糖基化相关的转录程序。

此外，空间转录组学分析显示，在经ADCC诱导抗体治疗的SARS-CoV-2感染小鼠肺部，多个NK标记基因在离散斑点中表达富集。与此一致，经ADCC诱导抗体连接的人外周血NK细胞展现出进化上保守的NK细胞簇，与小鼠中诱导的细胞簇相似。总之，我们的研究阐明了特定NK细胞亚群与ADCC诱导抗体在控制SARS-CoV-2感染中时间上协调的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。