支气管肺泡灌洗单细胞转录组揭示间质性肺病巨噬细胞亚群与轨迹

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE296682

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数据说明

理由：间质性肺疾病（ILDs）涵盖多种纤维化病症，并导致显著的呼吸系统疾病负担和死亡。支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞成分的评估是间质性肺疾病患者的重要诊断测试，但BAL细胞组成在单细胞分辨率下仍相对未被充分表征。目的：表征不同间质性肺疾病中BAL的免疫细胞群体，并探究外周血白细胞端粒长度缩短对BAL免疫特征的影响。方法：对25例患有各种间质性肺疾病（包括特发性肺纤维化（IPF）、过敏性肺炎、结节病和硅肺）患者的BAL样本进行单细胞RNA测序及下游分析。研究纳入了正常端粒和短端粒患者。此外，我们将研究结果与IPF全基因组关联研究（GWAS）数据进行了整合。结果：我们在BAL中鉴定出十六种不同的细胞群体，这些群体在不同间质性肺疾病亚型之间存在显著差异。

分析显示，单核细胞样巨噬细胞（MLM）可分为六个亚群，并呈现不同的分化轨迹：炎症性CXCL10hi MLM在过敏性肺炎中占主导地位，而促纤维化SPP1hi MLM在IPF中显著扩增。与端粒长度正常的患者相比，短端粒患者表现出促纤维化SPP1hi MLM比例增加，且纤维化基因表达增强。与基因组数据的整合证实，SPP1hi和CCL2hi MLM亚群中含有IPF疾病相关性评分最高的细胞。结论：BAL来源的转录组学揭示了不同ILD亚型中 distinct 的髓系亚群，其中特定群体与疾病发病机制相关。这些发现为ILD发病机制提供了见解，推动了利用BAL采样开发更精细诊断检测方法的发展，并突出了特定髓系亚群作为潜在治疗靶点的价值。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。