整合单细胞RNA与ATAC测序揭示长期吸烟对肺上皮应对流感与高氧的影响

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294221

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数据说明

吸烟是发生急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的重要危险因素，但将吸烟与ARDS易感性联系起来的细胞和分子机制仍不清楚。我们的目标是加深对这些机制的理解。为此，我们建立了一个小鼠模型，比较长期香烟烟雾暴露与不吸烟对照组，并检查其对流感感染和高氧诱导肺损伤的反应。六只小鼠被分为两组：不吸烟对照组和接受香烟烟雾暴露六个月的吸烟组。暴露后，小鼠接受流感病毒感染或暴露于高氧环境。对肺组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）。使用Seurat（v5.1.0）和Signac（v1.13.1）进行质量控制分析，保留了scRNA-seq的78,402个细胞和scATAC-seq的84,144个细胞，并在两个数据集中鉴定出32,305个匹配细胞。差异基因表达分析显示，吸烟相关的细胞对流感感染和高氧暴露的反应发生了显著改变。

通路富集分析表明，吸烟暴露动物中免疫反应、炎症信号传导及细胞存活通路均增强。整合scRNA-seq与scATAC-seq数据识别出介导这些反应的关键转录因子（TFs），包括参与免疫调节、染色质重塑和细胞存活的转录因子。总体而言，本研究强调了长期香烟烟雾暴露在加剧ARDS发病机制关键通路中的作用，为治疗干预提供了潜在靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。