肺间质巨噬细胞功能与空间异质性深度解析 [Xenium]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293144

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

间质巨噬细胞（IMs）在维持组织稳态和协调免疫应答中的重要作用日益受到认可。在此，我们呈现了对小鼠肺IMs的全面转录组分析，揭示了它们在肺微环境中多样化的功能角色、专业化的分工以及独特的空间组织。基于早期研究显示，两大IM亚群——CD206hi和CD206lo——包含了十个独特的趋化因子表达亚群，这些亚群调控免疫细胞募集和三级淋巴结构，我们现在证明这些IM亚群还展现出不同的细胞因子和受体基因谱，以及一个广泛的自分泌网络，影响其迁移和细胞因子驱动的功能。此外，我们识别出独特的先天免疫特征，包括补体成分、清道夫受体和模式识别途径（例如，Toll样受体和C型凝集素），强调了它们对先天免疫的广泛贡献。

利用Xenium空间转录组学技术，我们揭示了IMs主要定位于肺部的三个区域：支气管血管束、间质和周边区域。CD206hi和CD206lo的IMs倾向于占据特定的亚组织微环境，这可能是由整合素和金属肽酶基因表达的差异所驱动。此外，IMs内趋化因子的表达展现出独特的空间定位模式，指导T细胞和B细胞的招募。提供了两张汇总表，概述了数据集中IM亚群间的差异基因表达。总体而言，我们的发现推进了对IM异质性及其在趋化吸引、炎症调节、先天免疫防御和组织维护中多方面作用的理解，同时为研究它们在肺部免疫和疾病中的定位、相互作用及贡献提供了一个高分辨率的框架。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。