COPD空间转录组学特征

数据涉及呼吸系统疾病领域,主题标签包括高通量测序表达谱分析、平台GPL18573及物种9606。可用于研究COPD的空间转录组特征,但源站未提供具体样本量、组织类型及分析结论(来源 NCBI)

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基因组GPL185739606
GSE293001: Spatial transcriptomics signatures in COPD

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-24

资源简介

COPD空间转录组学特征

GSE293001(Spatial transcriptomics signatures in COPD)是一个聚焦慢性阻塞性肺疾病(COPD)空间转录组特征的公开数据集,由 NCBI 站点发布,归类于呼吸系统疾病领域。该数据集以 SuperSeries 形式组织,其源站描述说明它由若干子系列(SubSeries)构成,主题标签涵盖高通量测序表达谱分析、平台 GPL18573 以及物种编号 9606(即人类)。数据集当前提供 1 个文件,样例文件为 GSE293001_series_matrix.txt.gz,作者信息记录为 Scott、Andrew、Ochsner,发布时间为 Mar 26 202。整体而言,该数据集面向呼吸系统疾病研究,可用于探索 COPD 相关的空间转录组表达特征,但源站未提供具体样本量、组织类型及分析结论等细节。

【数据集背景】

该数据集的主题为“Spatial transcriptomics signatures in COPD”,即 COPD 中的空间转录组特征。COPD 属于呼吸系统疾病范畴,本数据集在分类上归入“呼吸系统疾病 / 其他”。从主题标签看,数据涉及高通量测序表达谱分析(Expression profiling by high throughput sequencing),并标注了平台 GPL18573 与物种 9606。数据集以 SuperSeries 形式发布,源站描述明确指出该 SuperSeries 由下列 SubSeries 组成,说明其内容由多个子系列汇聚而成,用于支撑同一主题下的空间转录组研究。

【数据内容】

数据集当前包含 1 个文件,文件样例为 GSE293001_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。主题标签表明数据属于高通量测序表达谱类型,平台为 GPL18573,物种为人类(9606)。源站未提供具体的样本数量、组织类型、基因数量、表达矩阵维度以及分析结论等信息,因此无法进一步描述数据的具体构成与生物学发现。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,作者记录为 Scott、Andrew、Ochsner,发布时间为 Mar 26 202。数据集以 SuperSeries 形式组织,源站描述说明其由若干 SubSeries 构成。除上述来源与组织方式外,源站未提供样本采集地点、采集时间、受试者信息、测序策略细节等采集层面的信息。

【适用场景】

依据主题标签与分类,该数据集可用于呼吸系统疾病领域的研究,特别是围绕 COPD 的空间转录组特征开展表达谱分析。其高通量测序表达谱属性与人类物种标注,使其适合作为基因表达层面的数据资源,用于探索与 COPD 相关的表达模式。由于源站未提供具体样本量、组织类型及分析结论,具体的研究设计复现与结论验证需以实际数据文件内容为准。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE293001_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码问题导致的数据读取错误。源站未提供其他使用步骤、分析流程或软件工具方面的说明。

【质量与限制】

该数据集当前仅提供 1 个文件,源站未提供样本量、组织类型、分析结论以及质量控制指标等信息,因此无法对数据质量作出具体评估。使用者在开展分析前,应自行核对文件内容与字段定义。此外,作为 SuperSeries,其完整内容由若干 SubSeries 构成,源站未提供各子系列的具体信息,相关细节需以源站实际发布内容为准。

【引用与许可】

作者信息记录为 Scott、Andrew、Ochsner,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供许可条款、使用协议及具体引用格式等信息,使用与再分发前应向源站核实相关要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293001

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.

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