IPF与供体肺远端外植组织的空间转录组比较

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE292956

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺纤维化仍然是一个重要的公共卫生问题，因其发病率不断上升且治疗选择有限。肺泡2型上皮细胞（AT2）衰老会导致干细胞耗竭和祖细胞功能衰竭，从而引起无效和异常的肺泡修复以及难以消退的纤维化。AT2衰老调控分子需要进一步研究。我们在此呈现的空间转录组学研究旨在比较终末期IPF移植肺组织与供体远端组织，以更好地理解与疾病相关的分子变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。