多组学网络识别AATD血浆中性粒细胞弹性蛋白酶阳性胞外囊泡加速肺部炎症

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE291638

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数据说明

α-1抗胰蛋白酶缺乏症（AATD）是一种由SERPINA1基因突变引起的遗传性疾病，可导致慢性阻塞性肺疾病（COPD）和肝脏疾病。中性粒细胞是炎症信号网络的关键调控者，然而，其在AATD中的失调及相关分子机制目前尚不清楚。在此，我们采用多组学方法，整合RNA测序（RNA-seq）和代谢组学，全面表征AATD中中性粒细胞的功能障碍。对AATD个体血液中性粒细胞的RNA-seq分析揭示了在高度参与细胞内信号级联、免疫应答激活与调控信号通路以及调控信号转导（这些过程控制炎症和代谢适应）的基因中存在转录失调。中性粒细胞来源细胞外囊泡（EV）的分离与表征进一步表明，血浆中富含中性粒细胞弹性蛋白酶（NE）的EV负荷增加，且其表面结合的NE升高。代谢组学分析显示，这些EV富集与失调信号通路相关的促炎代谢物。

整合转录组与代谢组网络分析揭示，中性粒细胞基因表达失调及相关信号通路重塑了细胞外囊泡（EV）的代谢货物，将代谢重编程与AATD中的炎症信号转导联系起来。此外，差异表达的EV代谢物可能调节EV受体细胞的基因表达，进一步维持AATD中的慢性炎症。这些发现建立了中性粒细胞基因失调与EV驱动的炎症信号之间的机制联系，揭示了EV货物的代谢重编程如何通过细胞因子和蛋白酶介导的通路影响细胞间通讯。观察到的中性粒细胞中干扰素、模式识别受体和细胞因子介导信号通路的上调，提示AATD和COPD中存在一个放大炎症的潜在反馈环路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。