全表观基因组分析鉴定纤维化间质性肺病的污染敏感位点

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289816

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理由：直径≤2.5微米颗粒物（PM2.5）对纤维化间质性肺病（fILD）患者产生不良影响。目的：确定PM2.5相关的表观遗传改变是否促进fILD的环境发病机制。方法：回顾性双队列研究，应用卫星衍生的PM2.5及其成分暴露匹配至fILD患者的居住地点。采用稳健线性回归评估随污染物暴露增加的各队列特异性全表观基因组差异血液DNA甲基化（Illumina MethylationEPIC BeadChip）。采用Cox回归和线性回归评估胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤（CpG）位点与无移植生存期和肺功能的关联。采用Wilcoxon检验评估fILD及对照肺组织中软骨相关蛋白（CRTAP）水平。结果：匹兹堡大学（UPitt）队列（n=306）的5年中位PM2.5暴露为12.1微克/立方米，而英属哥伦比亚大学（UBC）队列（n=170）为5.1微克/立方米。UPitt队列中较高的污染物暴露与cg25354716位点较低的甲基化相关，该位点注释至CRTAP，一种关键的细胞外基质重塑酶。

在UBC队列中，较高的暴露与cg01019301位点较高的甲基化水平相关，该位点注释到TLN2（talin-2），一种参与成纤维细胞迁移的细胞骨架蛋白。在荟萃分析的队列中，cg25354716甲基化水平增加10%与死亡或肺移植的风险比（HR）为0.81相关（95%CI 0.69-0.96，p=0.01），而cg01019301的相同变化与HR为1.36相关（95%CI 1.07-1.74，p=0.01）。与供体对照相比，CRTAP蛋白在fILD患者肺组织中过表达更为丰富（p<0.001）。结论：PM2.5与fILD中血液DNA甲基化改变相关。本研究识别出新的污染敏感靶点，这些靶点在fILD中具有治疗调控的潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。