肺移植受者SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种前后免疫状态的多组学分析

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数据说明

尽管COVID-19 mRNA疫苗取得了显著成功，但其在器官移植患者中的有效性明显降低。本研究采用多组学方法，旨在阐明肺移植（LTX）患者相较于健康对照（HC）在基线时及接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态。我们的分析揭示了LTX患者在基线时的免疫特征，该特征与重症COVID-19病例及脓毒症中观察到的免疫改变相似。这一特征表现为：（i）血浆中促炎细胞因子升高，尤其是EN-RAGE和IL-6水平显著增高；（ii）血液单核细胞和树突状细胞（DCs）上HLA-DR表达减少；（iii）血液单核细胞和DCs对Toll样受体（TLR）激活的细胞因子产生减少；（iv）血浆中微生物产物浓度增加。

除这些改变外，单细胞RNA测序分析显示，健康对照（HC）的经典单核细胞存在4个转录上不同的簇，而肺移植（LTX）患者中一个独特的经典单核细胞簇显著富集，与HC中占主导地位的经典单核细胞不同，其特征是S100A家族表达增高，而与细胞因子产生和抗原呈递相关的基因表达降低。接种疫苗后，LTX患者的结合抗体和中和抗体应答的幅度和广度均降低，记忆B细胞和T细胞应答受损。此外，对疫苗的先天免疫应答减弱，表现为单细胞水平上与抗原呈递、树突状细胞活化、干扰素和单核细胞相关的转录特征下降。整合多尺度、多响应网络（MMRN）分析显示，LTX患者中观察到的独特基线免疫状态与疫苗适应性免疫应答之间呈负相关。这些发现凸显了肺移植受者独特的免疫学特征，provid

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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