人肺泡上皮与内皮细胞与烟曲霉体外相互作用时差异基因表达的时间动态

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE28806

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

烟曲霉是免疫功能低下患者中最具相关性的致病性霉菌。烟曲霉的孢子被吸入后到达肺泡，在那里与人体免疫系统相互作用。在这组实验中，我们将特定形态的烟曲霉（Af293）分别与代表人气道上皮（A549）或人肺泡内皮（HPAEC）的细胞共培养0小时、3小时和6小时。我们将来自志愿者供者血液的单核细胞衍生树突状细胞或髓系树突状细胞加入上皮层，以检测其对基因表达的影响。在每个时间点从两种细胞系中提取RNA，并与微阵列杂交。微阵列包含约110个选定的人类免疫相关基因的探针，包括细胞因子和趋化因子基因、其受体以及下游先天免疫基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。