卡巴胆碱与茚达特罗在人气道上皮细胞中的基因组交互

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE282554

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

许多慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者易反复发生急性加重。长效毒蕈碱受体拮抗剂可预防急性加重，提示内源性乙酰胆碱（ACh）可能是一种促炎介质。通过确定卡巴胆碱（CCh，一种稳定的ACh类似物）是否为BEAS-2B支气管上皮细胞中的基因组刺激物，对这一观点进行了探索。同时评估了CCh与茚达特罗（Ind，一种长效β2肾上腺素受体激动剂（LABA））相互作用的能力，因为拟交感支气管扩张剂可促进气道结构细胞中不良效应基因的表达，而这些基因通常受相同转录因子的调控。使用表达cAMP反应元件荧光素酶报告基因的BEAS-2B细胞进行棋盘试验确定，CCh是一种弱刺激物，但与Ind以超加性方式相互作用。同样，mRNA-seq显示，CCh在BEAS-2B细胞中仅调控20个基因，而Ind和Ind+CCh是强大的基因组刺激物，分别影响869和1027个独特mRNA。

其中，39个基因被Ind+CCh以超加性方式诱导；其余基因的相互作用为加性或次加性。对Ind调控转录组的功能注释显示，转录和信号传导为主要主题，与炎症和免疫过程相关的基因本体（GO）术语高度富集。在CCh存在下获得了类似的GO特征；然而，基因表达变化的数量、幅度和持续时间显著增强。如果LABA与ACh在体内发生基因组相互作用，则可能导致不良效应基因的表达，矛盾的是，这可能维持COPD肺部病理的特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。