SARS-CoV-2 S1蛋白衍生肽对T细胞超抗原样刺激特性的鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE281135

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

重型COVID-19的特征是细胞因子介导的急性呼吸窘迫综合征，类似于中毒性休克综合征。我们鉴定出一条SARS-CoV-2 S1刺突肽（P3），其序列与细菌超抗原具有同源性。计算建模显示，P3与MHC I/II类分子及TCR区域的结合位点与葡萄球菌肠毒素B（SEB）和肠毒素H（SEH）的结合位点部分重叠。在体外，P3能有效激活25-40%的人CD4和CD8 T细胞，并伴随效应分子IFNg和颗粒酶B表达的升高。在体内，给予小鼠P3肽可诱导以促炎细胞因子IL1b、IL6和TNFa水平升高为特征的炎症反应。此外，P3肽促进了重症COVID-19患者T细胞在体外产生更强的免疫反应，表现为CD69和IFNg表达增加。与其超抗原特性一致，P3在体外还优先扩增了携带受限TCR Vα和Vβ链库的T细胞。

总体而言，P3肽与几种内源性哺乳动物蛋白的同源性提示，未来有可能发现相关肽类，这些肽类可能在人类炎症和自身免疫性疾病中发挥作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。