TGF-β1/mTORC1信号轴在特发性肺纤维化CTHRC1+病理性成纤维细胞转录身份中的关键作用

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE272972

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数据说明

成纤维细胞是伤口愈合和病理性纤维化过程中负责纤维生成的关键效应细胞，后者包括特发性肺纤维化（IPF），这是进展最快、最致命的纤维化肺病。对纤维化肺组织的单细胞RNA测序已鉴定出一个新型的高产胶原成纤维细胞群体，该群体不存在于非疾病对照肺组织中，其特征是标志物胶原三螺旋重复序列包含蛋白1（CTHRC1）的高表达。主要促纤维化介质TGF-β1已被广泛认为在多种纤维化病症中促进纤维生成。除经典的Smad信号通路外，TGF-β1诱导的I型胶原产生受mTORC1/4E-BP1信号枢纽的关键调控。通过药理学抑制（双ATP竞争性mTOR抑制剂和雷帕霉素）结合基因编辑方法，我们现在证明mTORC1轴的作用扩展至调控所有TGF-β1调控的基质体基因中超过三分之一。

我们进一步表明，TGF-β1刺激的成纤维细胞的全局转录组与IPF肺中CTHRC1+病理性成纤维细胞群体的转录组相匹配。相反，在mTORC1信号被破坏（通过使用CRISPR-Cas9进行RPTOR基因编辑）的成纤维细胞中，TGF-β1诱导的转录组并不映射到任何已知的成纤维细胞群体。这些数据首次明确了TGF-β1和mTORC1信号枢纽在决定CTHRC1+病理性成纤维细胞转录身份中的关键作用，并为将mTORC1作为IPF以及可能与TGF-β1促纤维化信号失调相关的其他纤维化疾病的治疗策略提供了强有力的科学支持。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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